员工自身有病是可以签订协议（劳动合同）的，但需根据具体情况和法律规定来操作。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
不得歧视原则：
- 根据《中华人民共和国就业促进法》第三十条，用人单位不得以员工患病为由拒绝录用或签订劳动合同，除非该疾病属于法律、行政法规和国务院卫生行政部门规定禁止从事的易使传染病扩散的工作，且员工在治愈前或排除传染嫌疑前。这一原则确保了患病员工的平等就业权利。
告知义务：
- 员工在签订劳动合同时，应如实告知自己的健康状况，特别是可能影响工作的疾病。如果员工隐瞒病情，以欺诈手段签订合同，用人单位有权单方面解除合同且无需支付经济补偿。因此，诚实告知是建立合法有效劳动关系的基础。
医疗期保护：
- 员工患病后，在医疗期内享有特殊的保护。用人单位不得无过失性辞退或经济性裁员。医疗期满后，如果员工不能从事原工作或另行安排的工作，用人单位可以按照法律规定解除劳动合同。这一规定平衡了用人单位和员工的利益。
二、合同签订要点
协商一致：
- 劳动合同的签订应基于双方协商一致的原则。对于患病员工，用人单位应与其充分沟通，了解病情对工作的影响，并共同协商确定合同条款。
明确条款：
- 合同应详细列明工作内容、工作时间、劳动报酬、社会保险等常规条款。对于患病员工，特别是患有重大疾病或职业病的员工，合同中应特别注明医疗期、医疗待遇、请假制度、工作岗位调整等特殊条款。这些条款有助于明确双方的权利和义务，减少后续纠纷。
隐私保护：
- 在签订合同过程中，用人单位应严格保护员工的隐私，不得泄露其病情信息。这是对员工个人权益的尊重和保护。
三、特殊情形处理
一般疾病（不影响工作）：
- 如果员工患有一般疾病，且该疾病不影响其正常工作，那么可以按照常规流程签订劳动合同。双方可以根据需要协商特殊条款，如请假制度等，以应对可能出现的健康问题。
重大疾病（可能影响工作）：
- 如果员工患有重大疾病，可能影响其工作能力和效率，那么用人单位应要求员工进行劳动能力鉴定，评估疾病对工作的影响。根据鉴定结果，用人单位可以调整工作岗位或工作安排，以确保员工能够胜任工作并保障其健康。同时，合同中应明确医疗期及待遇，约定合同解除条件等。
职业病：
- 对于患有职业病的员工，用人单位应及时安排职业病诊断，确保员工得到专业治疗。同时，用人单位应如实告知劳动过程中的职业危害，依法参加工伤保险，为员工提供必要的保障。
四、法律后果与风险提示
- 如果用人单位违反法律规定，以员工患病为由拒绝签订劳动合同或解除劳动合同，可能面临法律责任，包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 如果员工隐瞒病情签订劳动合同，并在后续工作中因病情影响工作或造成其他损失，用人单位有权依据合同条款和法律规定追究员工的责任。
总结与建议：
员工自身有病并不妨碍其签订劳动合同，但双方应充分了解病情对工作的影响，并遵守相关法律法规和合同条款。用人单位应尊重员工的平等就业权利，提供必要的支持和帮助；员工应诚实告知自己的健康状况，积极配合用人单位的工作安排。在签订合同时，双方应明确条款、协商一致，并关注特殊情形的处理方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。