破坏农村灌溉水井是否违法，需根据具体情况来判断，一般而言，未经许可破坏灌溉水井是违法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、土地性质与用途角度
基本农田保护：如果灌溉水井位于基本农田上，且该水井是合法设立用于农田灌溉的，那么未经批准破坏该水井，很可能被视为违法行为。因为基本农田受到法律的严格保护，任何改变其用途或破坏其设施的行为都可能面临法律制裁。
一般耕地或其他土地：对于一般耕地或其他类型的土地，如果灌溉水井是合法设立的，且破坏行为未经相关部门许可，同样可能构成违法。这取决于当地的具体规定和要求，以及破坏行为是否对农田灌溉和农业生产造成了实际影响。
二、合法审批与程序角度
无需审批情形：在某些情况下，如果灌溉水井是农村集体经济组织或其成员为了自家农田灌溉而设立的，且符合当地的相关规定和要求（如取水量较小、不影响他人用水等），可能不需要经过特别的审批程序。然而，这并不意味着可以随意破坏这些水井。如果破坏行为导致农田灌溉受阻或影响他人正常用水，仍可能面临法律责任。
依法经过审批：如果灌溉水井是经过相关部门审批后设立的，那么破坏该水井无疑将构成违法行为。因为审批程序本身就是为了确保水井的设立符合法律法规和政策要求，破坏已审批的水井就是破坏了这一法律秩序。
三、水资源保护与环境保护角度
超采地下水保护：在地下水超采区，为了保护地下水资源和生态环境，严格限制新增取用地下水。如果破坏灌溉水井导致地下水超采或污染，那么破坏行为不仅违法，还可能对生态环境造成长期损害。
污染地下水防范：打井和破坏水井过程中都必须采取有效的防护措施，防止农田中的农药、化肥等污染物通过井体渗入地下，污染地下水环境。如果破坏行为导致地下水污染，将违反相关环境保护法律法规，并可能面临严厉的法律制裁。
四、周边环境及他人权益角度
破坏灌溉水井还可能对周边环境及他人权益造成影响。例如，破坏行为可能导致周边土地塌陷、水源被破坏或影响他人正常用水等。这些行为都可能构成违法行为，并需要承担相应的法律责任。
建议与指导
了解当地规定：在决定是否破坏灌溉水井之前，务必咨询当地的自然资源主管部门或水行政主管部门，了解具体的法律法规和政策要求。
合法合规行事：如果确实需要拆除或改造灌溉水井，应遵循一定的技术标准和规范，办理必要的手续，确保行为合法合规。
注重环境保护：在破坏或改造水井过程中，应采取有效的防护措施，防止对周边环境造成不良影响。
如果你面临与农村灌溉水井相关的法律问题，或者需要进一步的法律建议和指导，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律服务。