应开具1000元的发票，罚款500元需通过其他合规方式处理，不可直接从货款中扣除后开票。具体分析如下：

1. 销售货物的发票开具
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及增值税相关规定，销售方收取的货款（1000元）属于应税收入，必须全额开具发票。发票金额应与实际交易金额一致，即1000元。若以“扣除罚款后”的金额（如500元）开票，会导致发票金额与实际收入不符，涉嫌虚开发票或偷逃税款，可能面临税务处罚。

2. 质量罚款的处理方式
   质量罚款属于因货物质量问题产生的违约责任，与销售货物的收入是两个独立的法律关系。罚款500元应通过以下方式处理：

   • 单独协议：双方可签订补充协议，明确罚款金额及支付方式（如从后续货款中扣除、单独支付等）。
     
   • 收款凭证：罚款部分需由收款方（如买方）开具收款收据或发票（若罚款属于价外费用且需纳税），或通过银行转账备注“质量罚款”以证明资金流向。
     
   • 税务合规：若罚款属于价外费用（如违约金、赔偿金等），销售方需将其并入销售额缴纳增值税；若属于惩罚性赔偿（如合同约定的违约金），则通常不涉及增值税，但需在财务上单独核算。

3. 风险提示

   • 发票合规性：若销售方未按实际交易金额开票，可能被税务机关认定为“少开、不开发票”，面临补税、罚款甚至刑事责任。
     
   • 合同约定：双方应在合同中明确质量标准、违约责任及罚款条款，避免纠纷。例如，约定“若货物质量不达标，买方有权扣除货款XX%作为违约金”，并明确扣除方式及发票开具规则。
     
   • 证据留存：销售方需保留货物质量问题的证据（如检测报告、沟通记录等），以证明罚款的合理性，避免被认定为“恶意扣款”。

建议：销售方应全额开具1000元发票，并与买方协商罚款的支付方式（如单独支付或从后续货款中扣除），同时确保所有操作符合税务及合同要求。如有疑问，可进一步提供合同条款或交易细节，我会为您分析具体风险点。