当在民间借贷案件中，被告要求进行司法鉴定，但鉴定结果出来后被告不认可时，我们可以从以下几个方面来详细分析和处理这一问题：
一、理解司法鉴定的性质与效力
司法鉴定是由专业的鉴定机构或鉴定人，依据科学方法和专业知识，对案件中的专门性问题进行鉴别和判断，并出具鉴定意见的活动。在民间借贷案件中，常见的司法鉴定包括笔迹鉴定（用于确认借条上的签名是否为被告所签）、指纹鉴定等。鉴定意见作为证据的一种，具有较高的证明力，但并非绝对不可推翻。
二、被告不认可鉴定结果的可能原因
- 对鉴定程序有异议：被告可能认为鉴定程序存在瑕疵，如鉴定机构的选择不公正、鉴定过程不透明等。
- 对鉴定结论有质疑：被告可能认为鉴定结论与事实不符，或者鉴定方法、技术存在缺陷。
- 有其他反驳证据：被告可能掌握了其他能够推翻鉴定结论的证据，如自己并未签署借条的证据、借条内容被篡改的证据等。
三、处理被告不认可鉴定结果的方法
审查鉴定程序与结论：
- 首先，要仔细审查鉴定程序是否合法、公正，鉴定机构是否具备相应的资质和条件。
- 其次，要分析鉴定结论是否科学、合理，是否存在明显的错误或瑕疵。
要求鉴定机构解释或补充鉴定：
- 如果被告对鉴定结论有质疑，可以要求鉴定机构对鉴定过程、方法、结论等进行详细解释。
- 在必要时，还可以申请补充鉴定或重新鉴定，以进一步明确事实。
提供其他反驳证据：
- 被告应积极提供其他能够推翻鉴定结论的证据，如自己并未签署借条的证据、借条内容被篡改的证据等。
- 这些证据应与鉴定结论形成对抗，以便法院进行综合判断。
参与法庭质证与辩论：
- 在法庭审理过程中，双方应充分参与质证与辩论，对鉴定结论和其他证据进行充分阐述和反驳。
- 法院将根据双方提供的证据和陈述，结合法律规定和案件事实，对鉴定结论的证明力进行综合判断。
尊重法院判决并考虑后续措施：
- 最终，法院将根据审理情况作出判决。如果法院认定鉴定结论有效并支持了原告的诉讼请求，被告应尊重判决并履行还款义务。
- 如果被告认为判决存在错误或不服判决，可以在法定期限内提起上诉或申请再审等后续措施。
四、建议与注意事项
- 在申请鉴定前充分沟通：在申请司法鉴定前，双方应尽可能进行充分沟通，明确鉴定的目的、范围和程序等，以减少后续争议。
- 选择正规鉴定机构：应选择具备相应资质和条件的正规鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结论的公正性和科学性。
- 及时提供反驳证据：被告在收到鉴定结论后，应及时分析并准备反驳证据，以便在法庭审理过程中进行充分阐述和反驳。
综上所述，当被告不认可司法鉴定结果时，我们应通过审查鉴定程序与结论、要求鉴定机构解释或补充鉴定、提供其他反驳证据、参与法庭质证与辩论以及尊重法院判决并考虑后续措施等方法来处理这一问题。同时，我们也应注意在申请鉴定前充分沟通、选择正规鉴定机构以及及时提供反驳证据等事项。