结论前置：电商公司使用员工的身份证办理营业执照，双方建议签订协议，以明确双方的权利义务，避免潜在的法律风险。以下从多个角度进行分析：
一、法律角度
名义股东与实际股东的区分：
- 在公司法中，存在名义股东和实际股东的概念。名义股东是指登记在公司股东名册上的人，而实际股东则是实际出资并享有股东权益的人。若电商公司使用员工的身份证办理营业执照，该员工即成为名义上的法定代表人或股东，而实际控制公司运营的可能是公司或其他个人。
- 法律风险：若未签订协议明确双方权利义务，一旦公司出现法律纠纷或债务问题，名义上的法定代表人或股东可能需要承担法律责任，而实际控制人则可能逃避责任。
协议的重要性：
- 签订协议可以明确双方的权利义务，包括但不限于公司的经营管理、利润分配、债务承担等。
- 协议还可以约定在特定情况下（如公司出现法律纠纷、债务问题等）双方的责任分担方式，从而保护名义上的法定代表人或股东的合法权益。
二、实际操作角度
避免误解和纠纷：
- 签订协议可以确保双方对公司的运营和管理有共同的理解，避免因理解不一致而产生的纠纷。
- 协议还可以作为双方合作的依据，确保双方按照约定履行各自的义务。
保护员工权益：
- 对于员工而言，签订协议可以明确其作为名义上的法定代表人或股东的责任范围，避免因公司运营问题而承担不必要的法律责任。
- 协议还可以约定员工在公司中的权益，如薪酬、福利等，从而保护员工的合法权益。
三、建议措施
签订详细协议：
- 电商公司应与员工签订详细的协议，明确双方的权利义务、责任分担方式、合作期限等关键条款。
- 协议应由专业律师起草或审核，以确保其合法性和有效性。
办理相关手续：
- 在签订协议后，双方应按照协议约定办理相关手续，如工商变更登记等。
- 确保公司的运营和管理符合法律法规的要求，避免因违规操作而产生的法律风险。
定期沟通与审查：
- 双方应定期沟通公司的运营情况，及时解决合作中出现的问题。
- 定期对协议进行审查和更新，以适应公司发展的需要和法律法规的变化。
总结与建议：电商公司使用员工的身份证办理营业执照时，双方建议签订协议以明确权利义务、避免法律风险。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。