结论前置：公司质疑病假不批准时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益。

一、核实病假申请的合规性

1. 检查病假申请流程：首先，员工应确认自己是否按照公司规定的流程提交了病假申请，包括是否提供了必要的医疗证明文件，如医院出具的病假条、诊断证明等。这是公司批准病假的基础，也是员工维护自身权益的重要依据。

2. 确认医疗证明的真实性：员工应确保所提供的医疗证明是真实有效的，且由正规医疗机构出具。如果公司对医疗证明的真实性提出质疑，员工可以配合公司进行进一步的核实，如提供医疗机构的联系方式以便公司查证。

二、与公司沟通协商

1. 主动沟通：如果公司质疑病假不批准，员工应主动与公司的人力资源部门或直接上级进行沟通，了解公司不批准的具体原因，并尝试解释和澄清相关情况。

2. 提供额外证明：如果公司认为医疗证明不够充分或存在疑问，员工可以提供额外的医疗证明或解释，以消除公司的疑虑。例如，可以提供更详细的医疗记录、医生的联系方式等，以便公司进一步核实。

三、寻求法律援助

1. 了解相关法律法规：员工应了解《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规中关于病假和医疗期的规定，明确自己的权益和公司的义务。

2. 咨询专业律师：如果与公司沟通无果，员工可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助员工制定合适的维权策略。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，要求公司批准病假并支付相应的工资和福利。这是维护员工合法权益的最后手段，也是法律赋予员工的权利。

四、注意事项

1. 保留证据：在整个过程中，员工应保留好所有与病假申请和沟通相关的证据，如病假条、诊断证明、沟通记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。

2. 避免冲突：在与公司沟通协商时，员工应保持冷静和理性，避免情绪化的冲突。通过合理合法的途径解决问题，更有利于维护自己的权益。

3. 关注时效性：如果员工决定申请劳动仲裁或提起诉讼，应注意相关的时效性规定。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工应及时采取行动，以免错过维权时机。

总结与建议：面对公司质疑病假不批准的情况，员工应首先核实病假申请的合规性，然后与公司进行沟通协商。如果沟通无果，可以寻求法律援助并考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。在整个过程中，员工应保留好相关证据，避免冲突，并关注时效性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。