针对上级主管部门以找不到文件为由拒绝开具破产相关证明的情况，您可以通过以下途径解决：

1. 核查文件是否存在及管理责任
   首先需确认该文件是否确实应由上级主管部门保管。根据《企业档案工作规范》及《破产法》相关规定，企业破产时需提交的证明文件（如工商登记资料、财务账册等）通常由企业自身或原登记机关保管，上级主管部门仅在特定情况下（如国有企业改制文件）负有保管义务。若文件本就不属于其保管范围，拒绝开具证明可能合法；若属于其保管范围，则需进一步核查其拒绝理由是否成立。

2. 书面催告与异议程序
   若文件确属上级主管部门保管范围，可向其发送书面《催告函》，明确要求其履行法定职责（如依据《政府信息公开条例》第17条，行政机关对职责范围内的信息有公开义务）。若对方仍拒绝，可向上级行政机关（如其上级单位或同级政府）提出书面异议，要求其督促履行职责。

3. 申请法院调取证据或强制履行
   在破产程序中，若该证明是认定破产原因、债权债务的关键材料，可依据《企业破产法》第4条向法院申请调查令，由法院直接调取相关文件；或依据《行政诉讼法》第72条，以上级主管部门为被告提起行政诉讼，要求其履行开具证明的法定职责。

4. 替代性证据的收集与使用
   若文件确实灭失且无法通过上述途径获取，可尝试通过其他证据佐证破产事实，例如：

   • 工商登记机关出具的《企业基本情况登记表》；
     
   • 税务机关出具的《纳税证明》或欠税通知；
     
   • 银行流水、审计报告等财务资料；
     
   • 债权人会议记录或和解协议等程序性文件。
     根据《民事诉讼证据规定》第90条，这些证据在符合“高度可能性”标准时，可被法院采信。

行动建议：

1. 立即梳理文件清单，明确需开具证明的具体内容及法律依据；
   
2. 向上级主管部门发送书面催告函（留存送达凭证）；
   
3. 同步收集替代性证据，避免因单一证明缺失导致程序停滞；
   
4. 若涉及复杂法律问题（如行政不作为或证据效力争议），可进一步向我提供具体文件名称、主管部门名称及拒绝理由，我将协助制定更精准的应对方案。