培训机构退费扣违约金的条款是否合法，需分情况讨论：

1. 若违约金条款合理且双方自愿签订：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方自愿签订，那么合同中的条款，包括违约金条款，都是有效的。
   • 在这种情况下，如果培训机构在合同中明确约定了退费时需要扣除一定比例的违约金，且该比例合理，没有过分高于实际损失，那么这样的条款是合法的。学员在签订合同时已经同意了这一条款，因此在退费时需要按照约定支付违约金。

2. 若违约金条款显失公平或存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如果培训机构在合同中设置的违约金条款显失公平，比如违约金比例过高，远远超过了实际损失，或者培训机构在签订合同时存在欺诈、胁迫等行为，导致学员在违背真实意愿的情况下签订了合同，那么这样的条款可能是无效的。
   • 根据《民法典》的规定，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。因此，在这种情况下，学员可以请求撤销该违约金条款，并要求培训机构全额退费。

3. 若合同未明确约定违约金条款：

   • 如果合同中没有明确约定退费时需要扣除违约金，那么培训机构在退费时就不能单方面扣除违约金。学员有权要求培训机构按照合同约定或者实际损失情况退还全部或部分费用。

法律建议：

• 在签订培训合同时，学员应仔细阅读合同条款，特别是关于退费和违约金的条款，确保自己了解并同意这些条款。
• 如果对合同条款有疑问或不确定的地方，应及时向培训机构咨询或寻求法律帮助，以避免后续纠纷。
• 如果发生退费纠纷，学员可以首先与培训机构协商解决；如果协商不成，可以向消费者协会投诉或寻求法律途径解决。

可能后果：

• 如果违约金条款合法有效，学员在退费时需要按照约定支付违约金，否则可能面临被培训机构起诉或采取其他法律措施的风险。
• 如果违约金条款无效或不存在，学员有权要求培训机构全额退费，并可能获得因培训机构违约而产生的其他损失赔偿。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。