针对两方出资但土地登记在一方名下的情况，核心处理方式取决于双方是否签订书面协议以及协议的具体约定。以下分情况详细说明：

1. 若双方签订了书面协议，明确约定了土地的权属、出资比例、收益分配等关键条款
   根据《民法典》第215条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力，但法律另有规定的除外。但若双方通过书面协议明确约定了土地的实际权属（例如“虽登记在A名下，但实际为A、B共有”），则该协议具有法律约束力，双方应按协议履行。
   建议：保留出资凭证（如转账记录、收据等）及书面协议原件，若发生纠纷，可凭协议主张权利。若需进一步明确权属，可协商办理土地权属变更登记，或通过公证、律师见证等方式固定协议效力。

2. 若双方未签订书面协议，但能通过其他证据证明存在共同出资的合意
   例如，双方聊天记录、会议纪要、共同参与土地开发管理的证据（如签署的文件、参与决策的记录等），可证明双方存在“事实上的合伙关系”或“共同投资关系”。根据《民法典》第967条，合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。此时，土地虽登记在一方名下，但另一方仍有权主张按出资比例享有权益。
   建议：尽快补签书面协议明确权属，或通过调解、诉讼等方式确认共有关系。若协商不成，可向法院起诉，要求确认土地共有权或分割收益，但需承担举证责任（证明出资事实及共同投资合意）。

3. 若既无书面协议，也无法证明共同出资的合意，仅一方登记为权利人
   此时，土地权属以登记为准，登记方为法律上的唯一权利人。另一方若主张权益，可能面临举证困难，法院可能以“证据不足”驳回诉求。但若另一方能证明登记方存在欺诈、胁迫等情形（如虚构事实诱导出资），可依据《民法典》第148-151条主张撤销登记行为。
   建议：若存在此类情形，需在知道或应当知道撤销事由之日起1年内行使撤销权，并保留相关证据（如胁迫的录音、虚假承诺的书面材料等）。

风险提示：

• 土地权属登记具有公示公信效力，第三方（如登记方的债权人）可能基于登记信息主张权利，导致实际出资人权益受损。
  
• 若涉及土地转让、抵押等处分行为，需全体共有人同意（若认定为共有），否则可能构成无权处分，引发合同效力纠纷。
  

行动建议：

1. 立即梳理所有出资凭证及沟通记录，评估证据充分性；
   
2. 与对方协商补签协议或办理权属变更登记；
   
3. 若协商无果，尽快委托律师介入，通过法律途径固定权益。
   

如有进一步细节（如出资比例、土地用途、是否涉及第三方等），可随时补充说明，我会为您细化分析。