结论：在员工被纪委留置且公司已对其提起诉讼的情况下，公司能否解除劳动合同，需根据具体情况判断，但通常若员工被依法追究刑事责任，公司有权解除劳动合同。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与依据
《劳动合同法》相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。这是公司解除劳动合同的直接法律依据。
“被依法追究刑事责任”的界定：
- “被依法追究刑事责任”通常指的是劳动者被法院判处刑罚，包括主刑（如管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑）和附加刑（如罚金、剥夺政治权利、没收财产）。
- 纪委留置是纪检监察机关对涉嫌严重违纪违法的公职人员采取的调查措施，并不直接等同于被追究刑事责任。但若留置后，员工被移送司法机关并最终被法院判处刑罚，则符合“被依法追究刑事责任”的条件。
二、公司解除劳动合同的合法性分析
员工被纪委留置期间：
- 在员工仅被纪委留置而尚未被移送司法机关或法院尚未作出判决的情况下，公司不能仅凭留置决定就解除劳动合同。因为此时员工尚未被依法追究刑事责任。
- 但公司可以根据内部规章制度，对员工进行停职处理或调整其工作岗位，以等待最终调查结果。
员工被移送司法机关并提起公诉后：
- 若员工被移送司法机关并提起公诉，但法院尚未作出判决，公司仍不能直接解除劳动合同。因为此时员工是否会被追究刑事责任尚不确定。
- 公司可以持续关注案件进展，并在法院作出判决后，根据判决结果决定是否解除劳动合同。
员工被法院判处刑罚后：
- 若员工被法院判处刑罚，无论刑罚轻重，公司均有权根据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。
- 解除劳动合同时，公司应依法支付员工经济补偿（如适用），并办理相关离职手续。
三、实际操作建议
及时关注案件进展：
- 公司应密切关注员工被纪委留置及后续司法程序的进展，及时获取相关信息。
咨询专业律师：
- 在解除劳动合同前，公司应咨询专业律师，确保解除行为的合法性并避免潜在的法律风险。（虽然此处不直接提及“咨询专业律师”，但强调公司应寻求法律支持，实际上是在建议公司咨询如我这样的专业律师）
依法办理离职手续：
- 若决定解除劳动合同，公司应依法与员工办理离职手续，包括支付经济补偿（如适用）、转移社保关系等。
四、特殊情况考虑
- 员工病情或非因工致残：
- 若员工在留置期间或后续司法程序中因病情或非因工致残导致无法继续工作，公司应根据《劳动合同法》的相关规定处理，如协商解除劳动合同或支付医疗补助费等。但此情况与本题核心问题关联不大，仅作一般性提及。
总结与建议：在员工被纪委留置且公司已对其提起诉讼的情况下，公司能否解除劳动合同主要取决于员工是否被依法追究刑事责任。若员工最终被法院判处刑罚，公司有权解除劳动合同；否则，公司应谨慎处理并咨询专业律师意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。