药品厂家对违约挂网的零售店进行罚款，这一行为在法律上并不直接具有合法性，除非双方在合同中有明确的约定且该约定不违反法律法规的强制性规定。以下从不同角度进行详细分析：

合同约定角度

1. 合同自由原则：根据合同法的相关规定，合同双方有权在合同中约定各自的权利和义务，包括违约责任和处罚措施。如果药品厂家与零售店在合同中明确约定了零售店不得挂网销售，以及违约时厂家有权进行罚款等处罚措施，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么厂家在零售店违约时进行罚款是有合同依据的。

2. 罚款的合理性：即使合同中有罚款的约定，罚款的数额也应当合理，不能过分高于厂家因零售店违约所遭受的实际损失。如果罚款数额过高，可能被视为不合理的惩罚性条款，法院或仲裁机构在审理时可能会根据实际情况进行调整。

法律法规角度

1. 行政处罚与民事处罚的区别：药品厂家对零售店的罚款属于民事处罚范畴，与行政机关对违法行为的行政处罚不同。行政处罚具有强制性，而民事处罚则依赖于合同双方的约定。因此，药品厂家不能直接以行政处罚的方式对零售店进行罚款。

2. 法律法规的强制性规定：如果合同中的罚款条款违反了法律法规的强制性规定，如《消费者权益保护法》、《反不正当竞争法》等，那么该条款将被视为无效。例如，如果罚款条款限制了零售店的合法经营权利或损害了消费者的合法权益，那么该条款将不受法律保护。

实际操作建议

1. 审查合同条款：药品厂家应首先审查与零售店签订的合同，确认其中是否有关于违约挂网销售的处罚条款，以及该条款是否合法有效。

2. 协商与调解：如果零售店违约挂网销售，药品厂家可以首先尝试与零售店进行协商和调解，寻求双方都能接受的解决方案。

3. 法律途径：如果协商和调解无果，药品厂家可以根据合同中的争议解决条款，选择通过诉讼或仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、法律法规以及实际情况来判定罚款的合法性和合理性。

总结来说，药品厂家对违约挂网的零售店进行罚款的合法性取决于合同中的约定以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。在实际操作中，药品厂家应谨慎审查合同条款，并优先考虑通过协商和调解来解决争议。如有需要，可以随时向我咨询合同纠纷、医疗纠纷或婚姻家庭领域的法律问题。