农民工工资保函一般应由施工总承包单位提供，并提交给当地的人力资源和社会保障部门或其指定的住房城乡建设主管部门。以下从多个角度进行详细分析：
一、保函的提供主体
- 施工总承包单位：根据相关规定，施工总承包单位是农民工工资保证金的主要缴纳单位。为了保障农民工工资的支付，施工总承包单位需要选择以银行保函或保险保单形式替代现金缴纳工资保证金，并确保保函或保单具有见索即付性质的独立保函（保单）特性，且生效后不可撤销。
二、保函的提交单位
人力资源和社会保障部门：
- 社会保障部门负责农民工工资保证金的总体监管工作。施工总承包单位需将农民工工资保函提交给当地的人力资源和社会保障部门或其负责劳动监察、劳动保障等工作的科室（如劳动监察大队）。
- 社会保障部门会对保函进行备案登记，并监督用人单位按规定缴纳保证金或提供有效保函。在出现拖欠农民工工资问题时，社会保障部门会依法动用保证金或要求保函出具机构履行支付义务。
住房和城乡建设部门：
- 在建设工程领域，特别是涉及大量农民工就业的项目中，住房和城乡建设部门或其下属的建设工程管理机构也参与保函的监管工作。
- 施工总承包单位在提交保函时，可能还需要根据当地规定，将保函提交给住房和城乡建设部门或其指定的机构进行备案或审核。
三、地区差异与查询方式
- 不同地区对于农民工工资保函的提交单位可能有具体规定。例如，某些地区可能明确要求保函提交给人力资源和社会保障部门，而另一些地区则可能要求提交给住房和城乡建设部门或其指定的机构。
- 为了确保合规操作，施工总承包单位应通过访问当地政府的官方网站、咨询项目的主管部门（如建设项目的招标管理部门）或查阅相关政策文件，了解具体的提交单位和流程。
四、其他重要注意事项
- 保函性质：农民工工资支付保函必须采用具有见索即付性质的独立保函形式，以确保在需要时能够迅速、有效地保障农民工工资的支付。
- 监管责任：监管银行或保险公司应加强对工资保证金的日常监管工作，确保专款专用，并在需要时承担赔付或代偿责任。
- 操作流程：施工总承包单位在提交保函前，应仔细了解并遵循当地关于农民工工资保证金的具体操作流程和要求，以确保合规操作并避免不必要的法律风险。
建议：施工总承包单位在提供农民工工资保函时，应密切关注相关政策变化，确保合规操作。如果对具体提交单位或流程有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。