农民工工资保证金应由施工总承包单位缴纳，这是通常情况下的规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、缴纳主体

根据相关规定，施工总承包单位（包括直接承包建设单位发包工程的专业承包企业）应当按照规定存储工资保证金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。这意味着，在大多数情况下，农民工工资保证金的缴纳责任在于施工总承包单位。

二、特殊情况

1. 分包单位责任：虽然工资保证金主要由施工总承包单位缴纳，但分包单位也有责任确保农民工工资的支付。如果分包单位拖欠农民工工资，且施工总承包单位已经按照规定存储了工资保证金，那么施工总承包单位有义务先行清偿分包单位拖欠的农民工工资，之后再依法向分包单位进行追偿。

2. 地域差异：需要注意的是，不同地区可能根据当地实际情况制定了具体的实施细则或办法，对农民工工资保证金的缴纳主体、缴纳比例、缴纳方式等可能有所差异。因此，在实际操作中，还需要结合当地的具体规定来确定。

三、缴纳比例与方式

1. 缴纳比例：工资保证金的缴纳比例通常根据工程合同价款的一定比例来确定，具体比例可能因地区和工程类型而异。例如，有的地区规定工资保证金按工程合同价款的一定百分比（如1%-3%）存储，但单个工程合同价款较高的，存储比例可能适当降低。

2. 缴纳方式：工资保证金可以通过银行保函、商业保险等方式替代现金存储，以减轻企业的资金压力。同时，工资保证金账户内的本金和利息归施工总承包单位所有，任何单位和个人不得擅自挪用。

四、法律后果

如果施工总承包单位未按照规定存储工资保证金或者未提供银行保函、商业保险等替代方式，可能会面临一定的法律后果，如被责令限期改正、处以罚款等。同时，如果因拖欠农民工工资引发群体性事件、极端事件造成严重不良社会影响的，还可能被列入拖欠农民工工资失信联合惩戒对象名单，受到更严厉的信用惩戒。

五、建议与提醒

1. 及时了解当地规定：由于不同地区对农民工工资保证金的缴纳主体、缴纳比例、缴纳方式等可能有所差异，因此建议施工总承包单位及时了解并遵守当地的具体规定。

2. 加强内部管理：施工总承包单位应加强内部管理，确保农民工工资的按时足额支付，避免因拖欠工资而引发法律纠纷和信用风险。

3. 积极应对纠纷：如果发生农民工工资拖欠纠纷，施工总承包单位应积极与农民工沟通协商，寻求妥善解决方案。同时，也可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。

如果您在农民工工资保证金缴纳方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。