结论：员工恶意删除公司资料，公司能否开除该员工，需根据具体情况判断，但通常情况下，若员工行为严重违反公司规章制度或法律法规，公司有权依法解除劳动合同。
分析角度一：公司规章制度
规章制度内容：首先，需查看公司是否有明确的规章制度，规定员工不得恶意删除公司资料，以及违反此规定的后果。若公司规章制度中明确规定了此类行为的处罚措施，包括解除劳动合同，则公司有权依据规章制度进行开除。
规章制度制定程序：其次，公司规章制度需经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保员工知晓并同意遵守。若规章制度制定程序合法，且员工已知晓，则公司可依据规章制度处理。
分析角度二：法律法规
劳动合同法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。恶意删除公司资料，若被认定为严重违反公司规章制度，则公司有权解除劳动合同。
侵权责任：员工恶意删除公司资料，还可能构成对公司财产权的侵害，公司有权要求员工承担侵权责任，包括赔偿损失等。若员工行为同时触犯刑法，如构成破坏计算机信息系统罪等，公司还可向公安机关报案，追究员工的刑事责任。
分析角度三：具体情节与后果
恶意程度：需考虑员工删除资料的恶意程度，如是否出于报复、泄愤等目的，以及删除资料的性质、数量、重要性等。恶意程度越高，公司开除的合理性越强。
后果严重性：还需考虑员工行为给公司造成的后果，如是否导致公司业务中断、数据丢失、经济损失等。后果越严重，公司开除的必要性越大。
建议：
收集证据：公司在处理此类事件时，应首先收集员工恶意删除资料的证据，如监控录像、操作记录、同事证言等，以证明员工的行为及后果。
依法处理：公司应依据公司规章制度和法律法规，依法处理此类事件。若决定开除员工，应确保处理程序合法，避免引发劳动争议。
加强管理：为避免类似事件再次发生，公司应加强员工管理，完善规章制度，加强数据安全保护，提高员工法律意识。
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