针对不同违法公司但同一负责人的情况，处理方式需根据具体违法情形及法律规定来综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 公司独立法人地位与负责人责任：

   • 公司独立法人地位：根据《公司法》的规定，公司具有独立的法人地位，以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着，不同公司之间的违法行为原则上应各自独立承担责任，除非存在法律规定的特殊情形（如法人人格否认）。
   • 负责人责任：负责人（如法定代表人、董事、监事、高级管理人员等）在公司违法行为中可能承担个人责任。这取决于其是否直接参与违法活动、是否尽到忠实和勤勉义务等。若负责人同时担任多家违法公司的职务，且均直接参与违法活动，则可能面临对多家公司违法行为承担个人责任的风险。

2. 违法行为的性质与后果：

   • 行政处罚：若不同公司的违法行为均违反了行政法规（如环保法、税法等），则每家公司都可能面临相应的行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。负责人若直接参与，也可能受到行政处罚，如罚款、禁止担任公司高管等。
   • 刑事责任：若违法行为构成犯罪（如诈骗、偷税漏税等），则每家公司及相关责任人都可能面临刑事指控。负责人若同时涉及多家公司的犯罪行为，将可能面临更严重的刑事处罚。
   • 民事赔偿：若违法行为导致第三方受损（如消费者、供应商等），则每家公司都需承担相应的民事赔偿责任。负责人若存在过错，也可能被要求承担个人赔偿责任。

3. 法律责任的叠加与限制：

   • 责任叠加：若负责人同时担任多家违法公司的职务，且均直接参与违法活动，则其可能面临对多家公司违法行为的责任叠加。这意味着，负责人可能需同时承担多家公司的行政处罚、刑事责任或民事赔偿责任。
   • 责任限制：然而，法律也规定了责任限制的原则。例如，在民事赔偿中，负责人的个人财产通常仅在其过错范围内承担责任，不会无限扩大至其所有财产。此外，若负责人能证明其已尽到忠实和勤勉义务，或违法行为与其职务无关，则可能减轻或免除其个人责任。

4. 实际操作中的建议：

   • 及时咨询专业律师：面对此类复杂情况，建议负责人及时咨询专业律师，以全面了解其法律责任和风险，并制定相应的应对策略。
   • 积极配合调查：若相关部门已对公司违法行为展开调查，负责人应积极配合，如实提供相关信息和证据，以争取从轻或减轻处理。
   • 加强内部管理：为避免类似情况再次发生，负责人应加强公司内部管理，建立健全的合规制度，确保公司经营活动符合法律法规要求。

总结来说，不同违法公司但同一负责人的处理方式需根据具体违法情形及法律规定来综合判断。负责人可能面临对多家公司违法行为的责任叠加，但法律也规定了责任限制的原则。在实际操作中，建议负责人及时咨询专业律师，积极配合调查，并加强公司内部管理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。