央企二级企业总经理职务犯罪的处理需依据具体犯罪类型、情节严重程度及法律规定进行，通常涉及刑事追责、企业内部处分及合规整改三个层面。以下从法律程序、责任承担及后续影响三个角度展开分析：
一、刑事追责程序
立案侦查
职务犯罪（如贪污、受贿、挪用公款、滥用职权等）由监察委员会或公安机关立案调查。央企二级企业总经理作为国家工作人员（若属国有独资或控股企业），其职务犯罪通常由监察委管辖，非国家工作人员犯罪（如职务侵占）则由公安机关经侦部门处理。
刑事强制措施
调查阶段可能采取留置（监察委）、刑事拘留（公安机关）等措施；侦查终结后移送检察院审查起诉，最终由法院审判。若犯罪事实清楚、证据充分，将依法判处刑罚（如有期徒刑、罚金等）。
量刑依据
根据《刑法》分则第八章（贪污贿赂罪）、第九章（渎职罪）等规定，量刑需结合犯罪金额、情节（如是否索贿、是否造成重大损失）、认罪态度等因素。例如，贪污罪数额特别巨大（300万元以上）可处十年以上有期徒刑或无期徒刑。
二、企业内部处分与合规整改
党纪政务处分
央企二级企业总经理通常兼具党员身份，除刑事追责外，还需接受党纪处分（如开除党籍）及政务处分（如开除公职）。根据《中国共产党纪律处分条例》及《公职人员政务处分法》，职务犯罪人员一般会被给予顶格处分。
企业内部追责
央企需依据《中央企业违规经营投资责任追究实施办法（试行）》等规定，对涉案总经理进行经济处罚（如扣减薪酬）、职务调整（如撤职）或行业禁入（如禁止担任国企高管）。若犯罪行为导致企业损失，企业可提起民事诉讼追偿。
合规体系完善
涉案企业需开展合规整改，包括修订内控制度、加强审计监督、开展反腐败培训等，以符合国资委及监管部门要求。整改情况可能影响企业后续经营资质及高管任职资格。
三、后续影响与延伸责任
职业限制
根据《公司法》《企业国有资产法》等规定，因职务犯罪被判处刑罚的人员，终身不得担任国企董事、监事、高级管理人员；若涉及特定行业（如金融、能源），还可能面临行业准入限制。
企业声誉与经营
总经理职务犯罪可能引发监管部门对企业的专项检查，导致融资受限、项目暂停等连锁反应。企业需通过公开道歉、整改报告等方式修复声誉，避免影响商业合作。
共犯与连带责任
若其他高管或员工参与犯罪（如共同受贿、协助挪用资金），需依法追究共犯责任；若企业存在管理漏洞（如制度缺失、监督失效），可能面临行政处罚（如罚款、责令整改）。
建议：若涉及具体案件，需结合犯罪类型、金额、情节及企业性质综合判断责任。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实务经验提供针对性分析。