结论前置：公司仅用基本工资缴纳社保一般不合法，但需分情况讨论。
从法律规定角度分析
根据《社会保险法》第六十条，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，缴费基数应当以职工上年度月平均工资总额为准（包含基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入）。若公司仅以基本工资作为缴费基数，而基本工资低于职工实际月平均工资总额，则属于未足额缴纳社保，违反法律规定。
从实际操作中的特殊情况分析
- 若基本工资等于或高于当地社平工资的60%：
部分地区允许以社平工资的60%作为最低缴费基数。若职工基本工资高于该标准，公司仍以基本工资缴纳社保，需结合当地政策判断是否合法。例如，若当地规定最低缴费基数为社平工资的60%（如5000元），而职工基本工资为6000元，则公司以6000元缴纳社保是合法的；但若职工实际月平均工资总额为8000元（含奖金等），公司仅以6000元缴纳，则仍属违法。
- 若劳动合同或集体合同明确约定缴费基数：
若劳动合同中明确约定“社保缴费基数以基本工资为准”，且该约定不低于当地最低缴费基数标准，部分地区可能认可此类约定（但存在争议，因《社会保险法》优先于合同约定）。若约定低于实际工资水平，职工仍可主张公司补缴差额。
从职工权益保护角度分析
- 职工可主张的权利：
若公司未足额缴纳社保，职工可向当地社保部门投诉，要求公司补缴差额部分（包括单位应缴部分和个人应缴部分）。若因公司未足额缴纳导致职工无法享受社保待遇（如医保报销不足、养老金减少等），职工还可要求公司赔偿损失。
- 实务建议：
职工可先通过工资条、银行流水等证据核算实际月平均工资总额，再对比社保缴费记录中的缴费基数。若发现差异，可与公司协商补缴；协商不成，可向社保部门举报或申请劳动仲裁。
总结：公司仅以基本工资缴纳社保是否合法，需结合职工实际工资水平、当地政策及合同约定综合判断。若基本工资低于实际月平均工资总额，且无合法例外情形，则公司行为违法。职工应保留工资证据，及时主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。