结论：旷工三天自动离职，用人单位扣工资的合法性及具体扣减天数需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 这意味着，用人单位对于旷工等违纪行为的处理，包括扣减工资，必须在合法制定的规章制度中有明确规定，并且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者。
扣减工资的具体情况：
- 规章制度有明确规定：如果用人单位的规章制度中明确规定了旷工三天自动离职将扣减多少天工资，并且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不得低于最低工资标准等），那么用人单位按照规章制度扣减工资是合法的。但具体扣减天数需根据规章制度来确定，无法一概而论。
- 规章制度无明确规定或规定违法：如果用人单位的规章制度中没有明确规定旷工三天自动离职的工资扣减情况，或者规定违反了法律法规的强制性规定，那么用人单位扣减工资的行为可能不合法。此时，劳动者有权要求用人单位支付被扣减的工资，并可能因此向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
实际操作建议：
- 对于劳动者而言，在入职时应仔细阅读并了解用人单位的规章制度，特别是关于旷工、离职及工资扣减等方面的规定。如果发现规章制度存在违法或不合理之处，应及时向用人单位提出异议或寻求法律帮助。
- 对于用人单位而言，应制定合法、合理、明确的规章制度，并确保该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者。同时，在处理旷工等违纪行为时，应严格按照规章制度执行，避免随意扣减工资等违法行为的发生。
举例说明：
- 假设某用人单位的规章制度中规定：“员工旷工三天，视为自动离职，公司将扣减其旷工期间的工资及额外一天的工资作为惩罚。”如果该规定已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，且不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照此规定扣减工资是合法的。
- 如果另一用人单位的规章制度中没有关于旷工三天自动离职工资扣减的具体规定，或者规定扣减的工资数额超过了劳动者旷工期间应得的工资数额（如扣减了劳动者整个月的工资），那么该用人单位的扣减行为可能不合法。
总结与建议：
旷工三天自动离职扣几天工资的问题，不能简单地给出一个具体的数字答案。它取决于用人单位的规章制度是否合法、合理以及是否明确规定了旷工三天自动离职的工资扣减情况。因此，建议劳动者和用人单位都应仔细了解并遵守相关法律法规及规章制度，以避免不必要的法律纠纷。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。