起诉期间用人单位补发工资的行为本身并不违法，但需结合具体情形判断其合法性及法律后果。以下从不同角度展开分析：

1. 补发工资的合法性基础

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位负有及时足额支付劳动报酬的法定义务。若用人单位在起诉期间（如劳动者已提起劳动仲裁或诉讼）补发工资，属于履行法定义务的行为，本身不违法，反而可能体现其主动纠正违法行为的意愿。

2. 补发工资对劳动争议案件的影响

• 对诉讼请求的影响：
  若劳动者起诉时主张“拖欠工资”，而用人单位在诉讼中补发全部或部分工资，劳动者需调整诉讼请求（如减少赔偿金额或撤回该项诉求）。若劳动者坚持原诉求，可能因证据不足（如工资已补发）而败诉。

• 对经济补偿金的影响：
  根据《劳动合同法》第三十八条、第四十六条，若用人单位拖欠工资导致劳动者被迫解除劳动合同，劳动者有权主张经济补偿金。但若用人单位在劳动者解除合同前补发工资，可能阻断劳动者“被迫解除”的合法性，从而丧失经济补偿金请求权。

• 对加付赔偿金的影响：
  根据《劳动合同法》第八十五条，若用人单位经劳动行政部门责令限期支付工资后仍不支付，劳动者可主张加付50%-100%赔偿金。但若用人单位在诉讼中主动补发工资，可能避免加付赔偿金的法律后果。

3. 补发工资的注意事项

• 补发范围需明确：
  用人单位应补发全部拖欠工资（包括基本工资、奖金、津贴等），并结清加班费、未休年休假工资等衍生费用。若仅补发部分工资，劳动者仍可就剩余部分主张权利。

• 补发时间需合理：
  若用人单位在劳动者提起仲裁或诉讼后紧急补发工资，可能被认定为“恶意补发”，试图规避法律责任。此时，劳动者可主张用人单位存在主观恶意，要求法院或仲裁机构不予认可其补发行为。

• 保留补发证据：
  用人单位应通过银行转账、工资条等形式固定补发事实，并要求劳动者签收确认。若劳动者拒绝签收，用人单位可通过公证、录音等方式留存证据，避免后续争议。

4. 劳动者的应对策略

• 及时调整诉讼请求：
  若用人单位补发工资后，劳动者应评估是否继续主张原诉求，或调整为其他请求（如未签劳动合同双倍工资、违法解除赔偿金等）。

• 主张其他权益：
  即使工资已补发，劳动者仍可主张拖欠工资期间的利息、因维权产生的误工费、交通费等合理损失。

• 警惕“恶意补发”：
  若用人单位在诉讼中补发工资后，仍存在其他违法行为（如未缴纳社保、违法调岗等），劳动者可继续主张相关权利，不受补发工资行为影响。

总结：起诉期间补发工资本身合法，但需结合具体情形判断其对劳动争议案件的影响。劳动者应根据用人单位的补发行为，及时调整诉讼策略，并全面主张自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。