协议上签章处写了盖业务章但实际盖了单位公章，该协议是具有法律效力的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是单位对外行使权力的标志，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，通常代表单位对合同内容的认可和接受，是单位真实意思的表示。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，在协议上加盖公章，符合合同成立的形式要件。

2. 业务章与公章的替换：

   • 尽管协议上签章处写明应盖业务章，但实际加盖的是单位公章。这并不影响合同的法律效力，因为公章的法律效力高于业务章。
   • 业务章通常用于单位内部业务往来或特定业务场景，而公章则代表单位的整体意志。在合同上加盖公章，可以视为单位对合同内容的最终确认，即使原本约定应盖业务章。

3. 合同的实际履行与效力认定：

   • 合同的法律效力不仅取决于签章形式，还取决于合同的实际履行情况。如果双方已经按照协议内容实际履行，且没有提出异议，那么该协议的法律效力将得到进一步确认。
   • 在实际案例中，法院通常会根据合同的实际履行情况、双方当事人的意思表示以及相关法律法规来综合判断合同的法律效力。

4. 可能的法律风险与防范：

   • 尽管加盖公章的协议具有法律效力，但为了避免未来可能出现的纠纷，建议单位在签订合同时明确约定签章类型，并在合同中注明“本合同自双方加盖公章（或合同专用章）之日起生效”等条款。
   • 同时，单位应加强对公章和业务章的管理，确保签章的真实性和合法性，防止因签章问题引发的法律风险。

总结与建议：协议上签章处写了盖业务章但实际盖了单位公章，该协议是具有法律效力的。为了确保合同的合法性和有效性，建议单位在签订合同时明确约定签章类型，并加强对公章和业务章的管理。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。