核心结论：公司注销时投资款仅退给法人，可能涉及股东权益受损及公司清算程序违法问题，需根据具体情况采取不同措施。以下分情况说明：

1. 若公司清算程序合法但分配方案违法
   根据《公司法》第186条，公司清算时剩余财产应按股东出资比例分配。若清算组仅将投资款退给法人（通常为大股东或控股股东），而未按出资比例分配给其他股东，属于违法行为。
   处理建议：

   • 股东可要求清算组重新制定分配方案，并召开股东会确认；
     
   • 若清算组拒绝，股东可向法院申请强制清算（《公司法司法解释二》第7条），或直接以“清算组成员损害赔偿责任”为由起诉（《公司法》第189条）。

2. 若公司未依法清算即注销
   若公司未成立清算组、未通知债权人或未公告清算程序，直接注销并退还投资款给法人，可能构成“恶意注销”。此时，股东可依据《公司法司法解释二》第19条，要求法人（作为清算义务人）与其他责任人（如董事、控股股东）承担连带赔偿责任。
   处理建议：

   • 收集公司未依法清算的证据（如未公告、未通知债权人的记录）；
     
   • 向法院起诉要求法人返还应得份额，并追究其违法清算责任。

3. 若投资款性质存在争议（如名为投资实为借贷）
   若股东与公司约定投资款为“借贷”或“可退还”，则公司注销时需按借贷关系处理，退还对象应为债权人（即提供资金的股东），而非仅法人。此时需结合合同条款、资金用途等证据判断法律关系。
   处理建议：

   • 审查投资协议、转账记录等材料，明确资金性质；
     
   • 若确认为借贷，可要求法人以个人财产偿还（若公司财产不足），或依据《民法典》第56条追究股东滥用权利的责任。

关键提醒：

• 股东需在知道或应当知道权益受损之日起3年内起诉（《民法典》第188条），逾期可能丧失胜诉权；
  
• 若公司已注销，可尝试通过“股东代表诉讼”或“债权人代位权”等途径维权，但需满足特定条件。
  

如有进一步细节（如公司类型、清算程序细节等），可向我补充说明，我会为您分析具体操作路径。