企业法人入股资金退回的处理方式需根据具体情形确定，核心在于判断资金退回的合法性及程序合规性。以下分情况说明：
1. 合法退回的情形
若企业法人入股资金退回符合法律规定及公司章程约定（如减资、股权回购、股东协议解除等），需按以下程序处理：
- 减资程序：若因公司减少注册资本退回资金，需履行《公司法》规定的减资程序：
- 编制资产负债表及财产清单；
- 股东会作出减资决议（需代表三分之二以上表决权的股东通过）；
- 自决议作出之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告；
- 债权人无异议或清偿债务后，向工商部门办理变更登记。
- 股权回购：若符合《公司法》第74条或公司章程约定的回购情形（如异议股东请求回购），需签订回购协议并完成股权变更登记。
- 股东协议解除：若因股东间协议解除导致资金退回，需按协议约定处理，并确保不违反公司资本维持原则。
风险提示：未履行法定程序擅自退回资金，可能构成抽逃出资，面临补缴出资、罚款（对股东处以抽逃出资金额5%-15%的罚款）及对公司债务承担连带责任等法律后果。
2. 非法退回的情形
若企业法人通过虚构交易、伪造凭证等方式非法退回资金，可能涉及以下法律责任：
- 民事责任：其他股东可要求返还资金并赔偿损失；
- 行政责任：工商部门可责令改正、罚款，情节严重的吊销营业执照；
- 刑事责任：若金额较大，可能构成抽逃出资罪（《刑法》第159条）或职务侵占罪（《刑法》第271条）。
处理建议：
- 立即停止非法行为，补足出资；
- 主动向工商部门说明情况并配合调查；
- 协商解决纠纷，避免诉讼风险。
3. 实务操作建议
- 审查公司章程：确认是否允许资金退回及具体程序；
- 完善决策文件：保留股东会决议、协议等书面证据；
- 履行公告义务：确保债权人权益不受损害；
- 及时变更登记：完成工商变更手续，避免权属争议。
若您涉及具体案件或需进一步分析，可直接向我说明细节，我将结合证据材料提供针对性方案。