结论：合同里约定甲方经营机构搬迁时乙方同意变更地点，公司搬迁跨市是否合理，需结合合同具体条款、搬迁对乙方的影响以及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的明确性与合理性
合同条款的明确性：
- 若合同中明确约定了甲方经营机构搬迁时乙方需同意变更工作地点，且该条款表述清晰、无歧义，那么从合同自治原则出发，双方应受该条款约束。
- 但需注意，合同条款的明确性不仅要求文字表述清晰，还要求该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
合同条款的合理性：
- 合理性判断需考虑搬迁对乙方工作、生活的影响程度。若搬迁导致乙方通勤时间大幅增加、生活成本显著上升，且甲方未提供相应补偿或便利措施，则该条款可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。
- 合理性还体现在甲方是否在合同签订时充分告知乙方搬迁的可能性及影响，以及乙方是否在充分了解的基础上自愿同意该条款。
二、搬迁跨市的合法性与合规性
劳动法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
- 若搬迁跨市导致工作地点发生重大变化，应视为劳动合同内容的变更，需经双方协商一致并签订书面变更协议。
搬迁的合理性审查：
- 搬迁是否因生产经营需要、政府规划调整等合理原因进行。
- 搬迁是否对乙方造成重大不利影响，以及甲方是否采取合理措施减轻或消除这些影响。
三、乙方权益的保护与救济
协商与沟通：
- 乙方在面临搬迁跨市时，应首先与甲方进行协商，表达自身关切和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
法律救济途径：
- 若协商无果，乙方可以依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求确认变更地点的条款无效或可撤销，或要求甲方承担违约责任。
- 在仲裁或诉讼过程中，乙方需提供充分证据证明搬迁对其造成了重大不利影响，以及甲方未采取合理措施减轻或消除这些影响。
四、实务建议
对于甲方：
- 在合同中明确搬迁条款时，应充分考虑搬迁对乙方的影响，并约定合理的补偿或便利措施。
- 搬迁前应与乙方进行充分沟通，听取乙方意见，尽量达成双方都能接受的搬迁方案。
对于乙方：
- 在签订合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作地点变更的条款，确保自身权益不受侵害。
- 面临搬迁时，应积极与甲方协商，同时保留好相关证据，以备不时之需。
总结：合同里约定甲方经营机构搬迁时乙方同意变更地点，公司搬迁跨市是否合理，需结合合同条款的明确性与合理性、搬迁的合法性与合规性以及乙方权益的保护与救济等多方面因素进行综合判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。