在土地规划和相关手续均不合法的情况下，查处工作需结合具体违法情形，依据《土地管理法》《城乡规划法》等法律法规，通过行政调查、行政处罚、强制执行等程序进行，必要时可追究刑事责任。具体分析如下：

1. 行政调查阶段：明确违法事实

• 调查主体：由县级以上人民政府自然资源主管部门（原国土资源部门）或城乡规划主管部门牵头，联合农业农村、林业、水利等部门组成联合调查组。
• 调查内容：
  • 核实土地性质（如耕地、林地、建设用地等）及规划用途；
  • 确认是否取得用地审批手续（如农用地转用审批、建设用地规划许可证等）；
  • 调查违法主体（个人、企业或单位）及责任人；
  • 固定违法证据（如现场勘验笔录、卫星影像、证人证言等）。
• 法律依据：
  《土地管理法》第六十七条、第七十七条；《城乡规划法》第五十三条。

2. 行政处罚阶段：分类处置违法行为

• 未取得用地审批手续：
  • 责令退还土地：限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状（《土地管理法》第七十七条）。
  • 罚款：对非法占用土地的，按每平方米100元至1000元标准处罚（《土地管理法》第七十七条）。
• 未取得规划许可手续：
  • 责令停止建设：对尚可采取改正措施消除影响的，限期改正，处建设工程造价5%-10%的罚款（《城乡规划法》第六十四条）。
  • 限期拆除：对无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入，可并处建设工程造价10%以下的罚款（《城乡规划法》第六十四条）。

3. 强制执行阶段：确保处罚落实

• 行政机关自行强制执行：
  对逾期不履行处罚决定的，自然资源或规划主管部门可依法申请法院强制执行，或依据《行政强制法》直接组织实施强制拆除（《土地管理法》第八十三条）。
• 刑事责任追究：
  若违法占用耕地数量较大（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），或造成耕地大量毁坏的，可能构成《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

4. 特殊情形处理

• 历史遗留问题：
  对1987年《土地管理法》实施前发生的违法用地，可按“实体从旧、程序从新”原则处理，优先通过补办手续方式完善合法性。
• 公益项目违法：
  若违法用地涉及公共利益（如学校、医院），可依法征收后补办手续，但需对原违法主体处以罚款。

5. 查处程序要点

• 立案审查：发现违法线索后，需在7个工作日内决定是否立案（《自然资源行政处罚办法》第十二条）。
• 告知权利：作出处罚决定前，需告知当事人陈述、申辩及听证权利（《行政处罚法》第四十四条）。
• 集体讨论：对重大处罚案件，需经部门负责人集体讨论决定（《行政处罚法》第五十七条）。

提示：若您涉及具体案件，建议提供土地性质、违法时间、建设规模等细节，我可进一步分析法律风险及应对策略。