公司倒扣员工工资是否合法，关键在于是否有明确的规章制度依据、扣罚是否合理以及是否遵循了法定程序。以下是对此问题的详细分析：
一、合法倒扣工资的情形
员工本人原因致公司损失：
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可依据劳动合同约定和规章制度要求员工赔偿。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可按照规章制度从其工资中扣除相应赔偿，但需确保扣除比例和剩余工资符合法律规定。
员工违反考勤纪律：
- 若公司依法制定并公示了包含考勤制度及扣罚标准的规章制度，且该制度内容合理，则员工违反考勤纪律时，公司可按规定进行扣罚。同样需遵守扣除比例和最低工资标准的限制。比如，员工频繁迟到或旷工，公司可根据规章制度扣除相应工资，但需确保扣除的合理性。
代扣代缴情形：
- 公司在法定情况下可以代扣员工工资以履行法律义务或保障员工权益，如代扣个人所得税、社会保险费用以及法院判决、裁定中要求的抚养费、赡养费等。这些代扣行为是合法的，且通常不会引发争议。
二、非法倒扣工资的情形
缺乏规章制度或规章制度不合理：
- 若公司未制定明确、合理且经过法定程序（如与员工代表协商、公示等）的规章制度，或规章制度中未规定扣罚情形及标准，则随意扣罚员工工资属于违法行为。例如，公司未制定任何考勤制度，却以员工迟到为由扣罚工资，这是不合法的。
无正当理由扣罚：
- 公司不能仅凭领导个人喜好、经营效益不佳等非员工个人原因，随意扣罚员工工资。此类行为缺乏法律依据，构成违法。比如，公司因业绩下滑而决定扣罚全体员工工资，这是不合法的。
影响员工最低生活费用：
- 扣罚后员工的剩余工资若低于当地月最低工资标准，即使公司有规章制度依据，该扣罚也是违法的。因为法律保障员工的基本生活费用不受侵犯。例如，员工月工资为3000元，公司因某原因扣罚2000元，剩余工资低于当地最低工资标准，这是不合法的。
三、员工维权途径
如果员工认为公司的倒扣工资行为不合法，可以通过以下途径来维护自己的权益：
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行沟通协商，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的诉求。这是解决争议的最直接方式。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会对公司的扣工资行为进行调查，并根据调查结果作出相应处理。
申请劳动仲裁：
- 如果员工对公司的扣工资行为有异议，且无法通过协商或投诉解决，可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行裁决，保障员工的合法权益。
总结与建议：公司倒扣员工工资的合法性取决于多个因素，包括是否有明确的规章制度依据、扣罚是否合理以及是否遵循了法定程序。员工在面对扣工资时，应首先查看公司的规章制度是否合规，并评估扣罚的合理性。如认为扣工资存在不当之处，可及时通过上述途径维护自身权益。同时，公司也应加强内部管理，确保规章制度的合法性和合理性，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。