核心结论：员工因疾病在48小时内死亡且被认定为工伤后，公司可能面临工伤保险赔付、行政责任、经济成本增加以及内部管理调整等多方面的影响。以下从不同角度详细分析：

一、工伤保险赔付责任

1. 工伤保险基金支付部分：

   • 根据《工伤保险条例》第十五条，员工在工作时间和工作岗位突发疾病死亡，或在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。此时，工伤保险基金需支付丧葬补助金（6个月统筹地区上年度职工月平均工资）、供养亲属抚恤金（按职工本人工资一定比例发给无劳动能力的亲属）和一次性工亡补助金（上一年度全国城镇居民人均可支配收入的20倍）。
   • 举例：若某地职工月平均工资为8000元，则丧葬补助金为4.8万元；若职工工资为1万元/月，配偶无劳动能力，则每月抚恤金为4000元（40%）；若上一年度全国城镇居民人均可支配收入为5万元，则一次性工亡补助金为100万元。

2. 公司可能承担的补充责任：

   • 若公司未依法缴纳工伤保险，根据《工伤保险条例》第六十二条，所有工伤保险待遇（包括上述三项）均由公司承担。
   • 若员工死亡与工作存在因果关系（如长期加班导致突发疾病），家属可能主张公司存在过错，要求额外赔偿（如精神损害抚慰金）。此时需结合具体案情分析，但工伤认定本身不要求证明工作与疾病的因果关系。

二、行政责任与合规风险

1. 未及时申报工伤的后果：

   • 根据《工伤保险条例》第十七条，公司应在员工死亡后30日内向社保部门申报工伤。若未按时申报，申报前发生的工伤保险待遇费用由公司承担。
   • 举例：若公司拖延申报导致家属自行垫付医疗费或丧葬费，公司需全额报销。

2. 劳动监察处罚：

   • 若公司未缴纳工伤保险或未配合工伤认定，劳动监察部门可责令改正，并处以欠缴数额1-3倍的罚款（《社会保险法》第八十六条）。

三、经济成本增加

1. 直接成本：

   • 工伤保险基金支付的费用虽不直接由公司承担，但公司需按工资总额的一定比例缴纳工伤保险费（通常为0.5%-2%）。若员工死亡导致公司工伤发生率上升，次年保费费率可能上调（《工伤保险条例》第八条）。
   • 举例：若公司工资总额为1000万元，原保费费率为1%，则年缴费10万元；若费率上调至1.2%，则年缴费增加至12万元。

2. 间接成本：

   • 员工死亡可能导致团队士气受影响，公司需投入资源安抚其他员工或招聘新人，增加人力成本。
   • 若家属与公司产生纠纷（如对工伤认定结果不服），可能引发诉讼或媒体关注，损害公司声誉。

四、内部管理调整

1. 完善用工制度：

   • 公司需审查是否依法为员工缴纳工伤保险，避免因未参保导致全额赔付。
   • 加强健康管理，如定期组织体检、合理安排工作时间，降低员工突发疾病风险。

2. 应急预案优化：

   • 制定突发疾病应急流程，明确抢救、报备、工伤认定等环节的责任人，确保符合《工伤保险条例》第十五条的“48小时”时限要求。

五、特殊情形：视同工伤的例外

若员工存在以下情形，即使48小时内死亡也不得认定为工伤（《工伤保险条例》第十六条）：

1. 故意犯罪；
2. 醉酒或吸毒；
3. 自残或自杀。 建议：公司需留存员工死亡时的相关证据（如监控、医疗记录），以排除上述例外情形。

总结：员工因疾病48小时内死亡被认定为工伤后，公司需重点关注工伤保险赔付、合规申报、经济成本及内部管理调整。若存在未参保或过错情形，可能面临额外赔偿或行政处罚。建议公司及时咨询专业律师，完善用工制度，降低法律风险。如有进一步问题，可直接向我咨询。