公司以员工在厕所抽烟为由进行罚款，是否合理需分情况讨论，具体分析如下：

1. 从公司规章制度合法性角度
   根据《劳动合同法》第四条，公司有权制定内部规章制度，但需满足三个条件：

   • 内容合法（不违反法律强制性规定）；
     
   • 经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
     
   • 已向员工公示或告知。
     若公司规章制度明确规定“禁止在厕所吸烟，违者罚款”，且符合上述条件，则罚款行为具备形式合法性。但需注意，罚款金额需合理，例如不得超过当月工资的20%（依据《工资支付暂行规定》第十六条），否则可能因“显失公平”被认定无效。

2. 从行政处罚权归属角度
   根据《行政处罚法》，只有行政机关（如消防部门、卫健委）才有权对公共场所吸烟行为进行罚款。公司作为民事主体，无行政处罚权，其罚款行为本质属于“内部管理措施”。若公司以“罚款”名义直接扣减工资，可能被认定为“克扣工资”，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，要求补发工资并赔偿。

3. 从劳动纪律管理角度
   公司可通过合法方式约束员工行为，例如：

   • 警告、记过等纪律处分（需在规章制度中明确）；
     
   • 要求赔偿实际损失（如因吸烟导致设备损坏、火灾等）；
     
   • 解除劳动合同（若吸烟行为构成“严重违反规章制度”，如多次劝阻无效）。
     但直接罚款缺乏法律依据，即使规章制度有规定，也可能因“违反法律强制性规定”被认定无效。

建议：

• 若公司已合法公示规章制度且罚款金额合理，员工可先与公司协商，要求说明罚款依据；
  
• 若公司无法提供合法依据或罚款金额过高，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 公司若想有效管理，建议通过“奖励合规行为+惩罚违规行为（如记过、赔偿）”的组合方式，避免直接罚款。
  

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