用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由，按最低工资标准支付工资，通常是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律背景与规定

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了工资支付的基本原则，即用人单位必须按时足额支付劳动者工资，不得随意克扣。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。这一条款进一步强调了用人单位支付工资的义务，并提供了劳动者维护自身权益的法律途径。

特殊情况分析

尽管一般情况下，用人单位不得随意克扣工资，但也存在一些特殊情况需要注意：

1. 劳动合同中的特别约定：如果劳动合同中明确约定了工作不满一定期限（如三个月）时，工资支付标准或方式有所调整，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可能按照约定执行。但这种情况较为少见，且需要严格审查劳动合同的合法性。

2. 劳动者给用人单位造成经济损失：如果劳动者因自身原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需遵循一定原则，如每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。然而，这并不意味着用人单位可以随意以工作不满三个月为由克扣工资。

法律建议与应对措施

面对用人单位以工作不满三个月为由按最低工资标准支付工资的情况，你可以采取以下措施维护自己的权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照劳动合同约定或国家规定支付工资。这是解决纠纷最直接且成本较低的方式。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查和处理，确保你的合法权益得到保障。

3. 提起劳动仲裁或诉讼：若投诉仍无法解决问题，你可以选择提起劳动仲裁或诉讼。通过法律程序，你可以要求用人单位承担法律责任，并追回被克扣的工资。在提起仲裁或诉讼前，建议收集好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以便更好地维护自己的权益。

可能的法律后果

如果用人单位违反法律法规规定，克扣或无故拖欠劳动者工资，将可能面临以下法律后果：

1. 责令限期支付：劳动保障行政部门将责令用人单位限期支付劳动者的工资报酬、工资低于当地最低工资标准的差额等。

2. 加付赔偿金：如果用人单位逾期不支付，劳动保障行政部门将责令其按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。

3. 其他法律责任：根据具体情况，用人单位还可能面临其他法律责任，如行政处罚、民事赔偿等。

综上所述，用人单位仅以劳动者工作不满三个月为由按最低工资标准支付工资，通常是违法的。你有权要求用人单位按时足额支付工资，并在遭遇此类情况时积极采取措施维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。