当公司法定代表人死亡且其持有公司100%股份时，公司仍可以以独立法人身份参加诉讼，但需通过合法程序确定诉讼代表人。具体分析如下：

1. 公司作为独立法人的诉讼地位
   根据《公司法》第三条，公司是企业法人，拥有独立的财产权和诉讼权利能力。即使法定代表人死亡且股东为同一人，公司实体仍存续，其民事权利义务由公司承担。因此，公司可作为原告或被告参与诉讼，但需由合法代表人行使诉讼权利。

2. 诉讼代表人的确定程序

   • 股东会决议（若公司存续）：若公司未因法定代表人死亡而解散，应由新任法定代表人（如通过变更登记程序产生）代表公司诉讼。
     
   • 清算组代表（若进入清算程序）：若法定代表人死亡触发公司解散（如唯一股东死亡且无继承人），需依法成立清算组，由清算组负责人代表公司参与诉讼。
     
   • 利害关系人申请指定：若公司内部无法形成有效决议（如唯一股东死亡且继承权存在争议），利害关系人（如债权人）可向法院申请指定临时诉讼代表人。

3. 实务操作建议

   • 继承程序优先：首先需通过继承程序明确股权归属。若法定代表人有继承人，继承人需通过公证或诉讼确认继承权后，通过股东会决议变更法定代表人；若无继承人，公司可能进入解散清算程序。
     
   • 证据固定：在诉讼中需提交公司营业执照、法定代表人死亡证明、股权证明等材料，证明公司主体资格及诉讼代表人合法性。
     
   • 法院释明权：若诉讼代表人身份存疑，法院可能依职权要求公司补充证明材料，或直接指定代表人以保障诉讼程序推进。

风险提示：若公司未及时确定诉讼代表人，可能导致诉讼程序延误或被裁定按撤诉处理。建议根据具体情形（如公司是否继续经营、继承权是否明确）制定方案，必要时可委托律师协助处理继承、公司变更登记及诉讼代表人指定等复合型法律问题。