工程承包合同中以考核方式定违约金并不直接违法，但需满足一定条件。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律背景与原则
在合同法领域，违约金是当事人双方约定的一种责任承担方式，用于在一方违约时，向另一方支付一定数额的金钱以补偿损失或惩罚违约行为。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失，否则，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
二、考核方式定违约金的合法性
合同自由原则：在工程承包合同中，双方当事人有权根据合同自由原则，约定违约金的计算方式和标准。以考核方式定违约金，本质上是一种双方约定的违约金计算方式，只要这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法的。
合理性要求：虽然合同双方可以约定违约金，但违约金的数额必须合理。如果以考核方式定的违约金过分高于实际损失，或者考核标准不公平、不合理，导致一方承担过重的违约责任，那么这种约定可能被视为无效或可被调整。例如，如果考核标准过于严苛，导致承包方几乎无法避免违约，而违约金的数额又极高，这种约定就可能被视为不公平。
实际损失与违约金的关系：根据法律规定，违约金的数额应当与违约造成的损失相当。如果以考核方式定的违约金与实际损失相差悬殊，违约方可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。这意味着，即使合同中约定了以考核方式定违约金，但在实际纠纷中，法院或仲裁机构仍会根据实际损失情况对违约金进行调整。
三、实践建议
明确考核标准：在工程承包合同中，如果双方约定以考核方式定违约金，应当明确考核标准、考核周期、考核方法等具体内容，以确保考核的公正性和合理性。
合理约定违约金数额：双方应根据工程实际情况、市场风险等因素，合理约定违约金的数额。避免约定过高或过低的违约金，以免引发纠纷或无法有效约束违约行为。
及时沟通与协商：在合同履行过程中，如果双方对考核结果或违约金数额有争议，应及时沟通与协商，寻求妥善解决方案。避免争议扩大化，影响工程进度和双方关系。
寻求法律帮助：如果双方无法就考核结果或违约金数额达成一致意见，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据合同条款、法律规定和实际情况，为双方提供法律意见和解决方案。
总结来说，工程承包合同中以考核方式定违约金并不直接违法，但需满足合理性要求，并与实际损失相当。在签订合同时，双方应明确考核标准、合理约定违约金数额，并在合同履行过程中及时沟通与协商。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。