针对您提出的“刑事案件判决已过追诉期不再追诉，后来又发现追诉期内又犯新罪如何处理”的问题，这是一个涉及刑法追诉时效和数罪并罚原则的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、追诉时效的基本概念
追诉时效是指对犯罪分子追究刑事责任的有效期限。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，不同法定最高刑的犯罪，其追诉时效期限也不同，从五年到二十年不等。若超过此期限，司法机关通常不再追诉，但存在特殊情况时可能不受此限制。
二、已过追诉期的前罪处理
一般情况：
- 如果前罪已经过了追诉期，且不存在特殊情况，那么司法机关通常不会再对前罪进行追诉。
特殊情况：
- 根据《刑法》第八十八条，若在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或在人民法院受理案件后，犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，或者被害人在追诉期限内提出控告而司法机关应当立案却未予立案的，前罪不受追诉期限的限制。
- 若前罪因这些特殊情况而被追诉，那么就需要考虑与后罪的数罪并罚问题。
三、追诉期内又犯新罪的处理
追诉时效的中断与重新计算：
- 根据《刑法》第八十九条第二款，若在追诉期限内又犯新罪，前罪的追诉时效中断，并从犯后罪之日起重新计算。
- 这意味着，即使前罪原本已接近追诉时效的截止日期，但因新罪的发生，其追诉时效将重新开始计算。
新罪的追诉：
- 对于新犯的罪行，司法机关应根据其法定刑确定相应的追诉期限，并依法进行追诉程序，包括证据收集、提起公诉、审判等。
四、数罪并罚的处理
数罪并罚原则：
- 若前罪因特殊情况被追诉，且与新罪构成数罪，那么应依据《刑法》第六十九条的规定进行数罪并罚。
- 数罪并罚的一般原则是：在总和刑期以下、数刑中最高刑期以上，酌情决定执行的刑期。
具体处理方式：
- 司法机关会先对新犯的罪行作出判决，然后结合前罪未执行的刑罚（如果前罪已被追诉），依照数罪并罚的原则决定最终执行的刑罚。
五、举例说明
假设某人在2010年犯有盗窃罪（法定最高刑为3年有期徒刑，追诉时效为5年），原本追诉时效截止至2015年。但在2013年，该人又犯有抢劫罪。此时：
- 盗窃罪的追诉时效因抢劫罪的发生而中断，并从2013年起重新计算5年，即延长至2018年。
- 司法机关会对抢劫罪依法进行追诉，并根据其犯罪事实、性质、情节等确定刑罚。
- 若盗窃罪因特殊情况（如逃避侦查）被追诉，那么在判决时，会将盗窃罪未执行的刑罚与抢劫罪所判处的刑罚进行数罪并罚。
六、总结与建议
对于您提出的问题，关键在于理解追诉时效的中断与重新计算原则，以及数罪并罚的处理方式。若遇到具体案件，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。司法机关会严格遵循法律规定进行处理，确保既维护社会秩序，又保障犯罪人的合法权益。