核心结论：公司董事长不经总经理签字支付资金的行为是否合法合规，需结合公司章程、内部管理制度以及资金支付的具体情形综合判断，可能存在合规风险或法律责任。以下从不同角度展开分析：

1. 从公司治理结构角度

• 公司章程的约定：若公司章程明确规定“重大资金支付需经总经理签字”或“董事长与总经理需联签”，则董事长未经总经理签字支付资金的行为可能违反章程，构成越权行为。此时，其他股东或董事可依据章程要求董事长纠正，甚至追究其责任。
• 内部管理制度的授权：即使章程未明确规定，若公司内部管理制度（如《资金管理制度》《财务审批流程》）对资金支付权限有具体划分（如“单笔超过X万元需总经理签字”），董事长未经授权支付资金同样可能被认定为违规操作，需承担内部纪律处分或赔偿责任。

2. 从法定代表人权限角度

• 法定代表人的法定职权：根据《公司法》第13条，董事长作为法定代表人，有权代表公司签署合同、办理财务等事务，但其权限并非无限。若资金支付属于公司日常经营范畴（如支付员工工资、采购货款），且金额在董事长授权范围内（如董事会或股东会已授予董事长一定额度的资金审批权），则董事长可直接支付，无需总经理签字。
• 超越权限的后果：若董事长支付的资金超出其授权范围（如大额对外投资、关联交易），且未履行内部审批程序（如未经总经理签字、未报董事会/股东会决议），则可能构成“无权代理”或“越权代表”。此时，公司可拒绝承认该支付行为，并要求董事长赔偿损失；若相对方（如收款方）善意且无过失，公司可能仍需承担付款责任，但可事后向董事长追偿。

3. 从资金性质与用途角度

• 日常经营资金：若支付的是公司日常经营必需的资金（如水电费、税费、小额采购款），且金额合理，董事长作为法定代表人可直接处理，无需总经理签字。
• 非经营性资金：若支付的是非经营性资金（如对外捐赠、大额投资、关联方借款），或金额明显超出日常经营需要，则通常需履行更严格的审批程序（如总经理签字、董事会决议）。董事长未经审批支付此类资金，可能面临内部问责或法律风险。

4. 从法律责任角度

• 对公司内部的责任：若董事长行为违反公司章程或内部制度，公司可依据《公司法》第149条（董事、高管违反忠实勤勉义务的赔偿责任）要求董事长赔偿损失；其他股东也可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼。
• 对外部第三方的责任：若相对方（如收款方）明知董事长无权支付仍接受资金，公司可主张合同无效或撤销；若相对方善意无过失，公司可能仍需履行付款义务，但可事后向董事长追偿。

建议行动

1. 核查公司章程与内部制度：确认资金支付是否需总经理签字，以及董事长的授权范围。
2. 区分资金性质与金额：判断支付行为是否属于日常经营范畴，以及金额是否合理。
3. 固定证据：若董事长行为违规，保留相关支付凭证、审批记录等证据。
4. 协商或法律途径：与公司协商纠正行为，或通过股东会、董事会决议追究董事长责任；必要时可提起诉讼。

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的公司情况提供详细方案。