结论：公司涨底薪但扣奖金是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司的行为是否违反了劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同的约定
若劳动合同中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了底薪和奖金的具体数额或计算方式，且公司涨底薪扣奖金的行为违反了这些约定，那么公司的行为就是不合法的。在这种情况下，员工有权要求公司按照劳动合同的约定支付工资和奖金。
若劳动合同中没有明确约定：
- 如果劳动合同中没有明确规定底薪和奖金的具体数额或计算方式，或者只规定了底薪而未规定奖金，那么公司涨底薪扣奖金的行为可能不构成违法。但即便如此，公司也不能随意扣除员工的奖金，因为奖金通常被视为员工劳动报酬的一部分，公司应当遵循公平、合理的原则进行发放。
二、相关法律法规的规定
《中华人民共和国劳动法》：
- 根据《劳动法》的规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。公司涨底薪扣奖金的行为，如果导致员工的实际收入减少，且没有合理的理由，可能违反了按劳分配的原则。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 《劳动合同法》规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果公司擅自改变劳动合同中约定的工资结构，即涨底薪扣奖金，且未与劳动者协商一致，那么公司的行为可能构成违法。
三、实际操作中的建议
与公司协商：
- 如果员工发现公司涨底薪扣奖金的行为可能违反了劳动合同或相关法律法规，首先可以尝试与公司进行协商，要求公司按照原约定支付工资和奖金。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对公司进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
举例说明：假设员工小张的劳动合同中明确规定了底薪为5000元，奖金为2000元。但公司突然宣布涨底薪至6000元，同时扣除奖金1000元。这种情况下，公司的行为就违反了劳动合同的约定，因为小张的实际收入并没有增加，反而减少了1000元（原本应得7000元，现只得6000元-扣除的1000元奖金中的实际影响部分，但直接对比总额即减少1000元）。小张有权要求公司按照原约定支付工资和奖金。
总结与建议：公司涨底薪扣奖金是否合法，需根据劳动合同的约定以及相关法律法规的规定来判断。如果员工认为公司的行为违法，可以与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。