结论：公司1000元以内的支出仅使用收据，在特定情况下可能是合法的，但并非所有情况下都符合规定。具体是否合法，需结合支出性质、公司财务管理制度以及相关法律法规来综合判断。
分析说明：
支出性质与收据的适用性：
- 对于一些小额、零星的支出，如办公用品购买、交通费用等，如果金额不大且难以取得正规发票，使用收据作为报销凭证在一定程度上是被接受的。但这种情况通常要求支出是真实发生的，且符合公司的财务管理规定。
- 如果支出属于应当取得发票的项目（如购买设备、支付服务费等），则仅使用收据是不合法的，因为发票是法定的报销凭证，具有更高的法律效力。
公司财务管理制度：
- 公司应建立完善的财务管理制度，明确哪些支出可以接受收据作为报销凭证，哪些必须取得发票。如果公司制度允许在特定情况下使用收据，且该支出符合制度规定，那么这种做法是合法的。
- 如果公司制度严格要求所有支出都必须取得发票，那么仅使用收据进行报销就是违法的，可能面临内部纪律处分或法律责任。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则，纳税人应按照规定取得和保管发票，作为计税的依据。如果公司未按照规定取得发票，可能面临税务机关的处罚。
- 同时，如果公司使用收据进行虚假报销，还可能构成偷税、漏税等违法行为，面临更严重的法律后果。
法律建议：
- 完善财务管理制度：公司应制定明确的财务管理制度，规定哪些支出可以接受收据作为报销凭证，并加强对报销凭证的审核和管理。
- 加强员工培训：定期对员工进行财务知识和法律法规的培训，提高员工的合规意识，避免因无知而违法。
- 咨询专业律师：如果公司对某项支出的报销凭证存在疑问，或者担心可能面临法律风险，应及时咨询专业律师，获取专业的法律意见。
后续行动与可能后果：
- 如果公司已经使用了收据进行报销，且该支出符合公司财务管理制度和相关法律法规的规定，那么无需过于担心。但应加强对报销凭证的保管和管理，以备税务机关等部门的检查。
- 如果公司使用了收据进行报销，但该支出不符合规定或者存在虚假报销的情况，那么公司应立即停止这种行为，并主动向税务机关等部门说明情况，积极配合调查和处理。否则，可能面临税务机关的处罚、法律诉讼等严重后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。