结论前置：员工怀孕期间，公司擅自降低其工资，一般情况下是不合法的。这一结论主要基于《中华人民共和国妇女权益保障法》和《女职工劳动保护特别规定》的相关规定。

法律背景与依据：

1. 《中华人民共和国妇女权益保障法》：该法明确规定了任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这是为了保护女职工在特殊生理时期的合法权益，避免她们因生育行为而遭受经济上的不合理损失。

2. 《女职工劳动保护特别规定》：该规定第五条也明确指出，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这一条款进一步强化了女职工在孕期的法律保护，确保她们能够享有合理的工资待遇。

特殊情况分析：

尽管法律规定了不得降低怀孕女职工的工资，但也存在一些特殊情况。如果用人单位能够证明女职工在怀孕期间不能胜任原工作岗位，并且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任工作，那么根据公司合法有效的规章制度进行合理的岗位和工资调整可能是被允许的。然而，这种情况下，用人单位需要承担严格的举证责任，证明降薪行为的合法性和合理性，同时确保工资降低的幅度合理且符合法律法规的要求。但这种情况相对少见，且需要严格的法律程序和证据支持。

法律建议与应对措施：

1. 协商沟通：如果女职工遇到公司在孕期降工资的情况，首先可以尝试与公司进行协商沟通，要求公司恢复工资待遇。这是解决纠纷的一种温和且有效的方式，有助于维护双方的劳动关系和和谐氛围。

2. 法律途径：若协商不成，女职工可以依法向当地的劳动监察部门投诉、举报或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，建议女职工保留好相关证据，如工资条、劳动合同、降薪通知等，以便在需要时提供证明。

3. 寻求法律援助：如果女职工对法律程序不熟悉或感到无助，可以寻求专业律师的法律援助。律师可以提供专业的法律意见和指导，帮助女职工更好地维护自己的权益。

可能法律后果：

如果公司擅自降低怀孕女职工的工资，且无法证明降薪行为的合法性和合理性，那么公司可能面临法律责任。女职工有权要求公司恢复原工资待遇，并可能获得相应的经济补偿。同时，公司还可能受到劳动监察部门的处罚，影响公司的声誉和形象。

综上所述，员工怀孕期间，公司擅自降低其工资是不合法的行为。女职工应当了解自己的合法权益，并在遭遇此类问题时采取适当的措施来维护自己的利益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。