别担心，即使公司申请赔偿时的工伤认定书没有保留，也并不意味着无法进行劳动仲裁，我们可以通过其他途径来获取或证明工伤事实，进而维护你的合法权益。以下是从不同角度为你详细分析的解决方案：
一、尝试从相关部门获取工伤认定书的副本或证明
联系劳动保障部门：你可以尝试联系作出工伤认定的劳动保障部门，如人力资源和社会保障局，请求他们提供工伤认定书的副本或出具相关证明。这些部门通常会有档案记录，能够根据你的申请提供相应的文件或证明。
申请法院调取证据：在劳动仲裁过程中，如果确实需要工伤认定书作为证据，你可以向仲裁庭或法院提出申请，请求他们调取相关证据。根据《劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，仲裁庭或法院有权向有关部门调取与案件相关的证据。
二、收集其他证据证明工伤事实
除了工伤认定书外，你还可以收集其他证据来证明工伤事实，这些证据在劳动仲裁中同样具有法律效力。具体包括：
医疗记录：包括医院的诊断证明、病历、检查报告、治疗记录等。这些记录能够证明你受伤的事实、受伤部位以及治疗情况。
证人证言：如果有同事或目击者见证了你的工伤事故，可以请他们出具证人证言，证明工伤事故的发生经过。
现场照片或视频：如果可能的话，收集工伤事故现场的照片或视频资料，这些资料能够直观地展示工伤事故的发生情况。
公司相关记录：如公司的安全记录、事故报告、员工考勤记录等，这些记录可能间接证明工伤事故的发生以及你因此受到的影响。
三、在劳动仲裁中的应对策略
明确仲裁请求：在提起劳动仲裁时，要明确你的仲裁请求，如要求公司支付工伤赔偿金、医疗费、误工费等。同时，要提供充分的证据来支持你的请求。
积极配合仲裁程序：在仲裁过程中，要积极配合仲裁庭的工作，按时参加仲裁庭审，如实陈述事实，提供证据材料。如果仲裁庭要求你补充证据或进行其他程序性事项，要及时响应并完成。
寻求法律援助：如果你对劳动仲裁程序不熟悉或感到困惑，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师能够为你提供专业的法律意见和帮助，确保你的权益得到充分维护。
最后，我想强调的是，即使工伤认定书丢失，也并不意味着你无法获得应有的赔偿。通过积极收集其他证据、明确仲裁请求并积极配合仲裁程序，你仍然有机会成功维护自己的合法权益。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。