针对您提出的“非法占用农田建房怎么处理”的问题，这是一个涉及土地管理法规的严肃议题。我将依据相关法律法规，为您详细阐述处理流程及可能面临的法律后果。
一、政府部门处理措施
调查与认定：
- 当地自然资源部门（原国土资源部门）在接到举报或巡查发现非法占用农田建房后，会立即立案并展开详细调查。这一步骤旨在核实建房的具体位置、面积、土地性质以及建房主体等信息，以确定所占用的土地是否确实属于农田，以及建房行为是否未经合法审批程序。
责令停止与改正：
- 一旦认定为非法占用农田建房，自然资源部门会迅速下达《责令停止违法行为通知书》，要求当事人立即停止建房活动，防止违法行为进一步扩大对土地资源的破坏。
- 同时，根据具体情况，政府部门可能会责令当事人在规定期限内改正违法行为。对于符合土地利用总体规划且有可能通过补办手续合法化的建房情况，当事人需完善用地审批手续、缴纳相关费用等，以使建房行为符合法律规定。
限期拆除与恢复：
- 如果所建房屋不符合土地利用总体规划，或者无法通过补办手续使其合法化，自然资源部门将下达《责令限期拆除决定书》。这要求当事人在规定期限内自行拆除违法建设的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
- 若当事人逾期不拆除，政府有权依法组织强制拆除，且拆除费用由违法当事人承担。此外，县级以上人民政府自然资源主管部门还会责令行为人退还非法占用的土地。
罚款与追责：
- 自然资源部门还会根据违法情节的严重程度，对非法占用农田建房的当事人处以罚款。罚款标准通常按照非法占用土地的面积等因素确定，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
- 如果非法占用农田建房的行为违反土地管理法规，改变被占用土地用途，数量较大，造成农田大量毁坏的，涉嫌犯罪（如非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上），自然资源部门会将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。
二、司法机关介入情况
- 若非法占用农田建房行为触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，当事人可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑事处罚。
三、处理流程总结
- 立案：政府自然资源主管部门或乡、镇人民政府在发现或接到举报后决定是否立案查处。
- 调查取证：通过询问、现场勘测等方式收集证据，确定违法行为性质、情节和后果。
- 作出处罚决定：依据法律法规作出行政处罚决定，并送达当事人，载明处罚事实、理由、依据及当事人权利。
- 执行处罚决定：当事人在规定期限内履行处罚决定，拒不履行的可采取加处罚款、申请法院强制执行等措施。
四、建议与警示
- 非法占用农田建房是严重的违法行为，不仅会导致法律后果的承担，还会对个人和社会造成不必要的损失。因此，我强烈建议您在建房前务必办理相关用地批准和规划许可手续，确保合法合规。
- 如果您已经存在非法占用农田建房的情况，应尽快按政府要求整改，以减少不必要的法律风险和损失。同时，您也可以咨询专业律师或相关机构，了解更详细的法律救济途径和整改方案。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。