针对销售腐烂水果被索赔1000元的情况，建议分以下步骤处理：首先核实索赔依据，其次评估自身责任，最后协商或通过法律途径解决。以下是具体分析：

1. 核实索赔依据
   根据《消费者权益保护法》第五十五条，若经营者存在欺诈行为（如明知水果腐烂仍销售），消费者可主张“退一赔三，最低500元”的惩罚性赔偿。若腐烂水果导致消费者健康受损（如食物中毒），还可依据《民法典》第一千一百七十九条主张医疗费、误工费等实际损失。
   需注意：若消费者无法证明健康损害与腐烂水果的因果关系，或经营者能证明已尽到进货查验义务（如保留进货凭证、检测报告），索赔金额可能被调整。

2. 评估自身责任

   • 若存在过错：如未定期检查库存导致水果腐烂，或故意隐瞒质量问题，建议主动协商赔偿（可低于1000元，但需覆盖消费者实际损失）。
     
   • 若无过错：如水果腐烂系运输中突发情况且已及时下架，或消费者故意扩大损失（如要求过度赔偿），可拒绝不合理索赔并要求消费者举证。

3. 协商或法律途径

   • 协商解决：优先通过市场监管部门或第三方调解机构协商，降低时间成本。
     
   • 法律途径：若协商无果，消费者可能起诉至法院。此时需准备进货记录、销售记录、水果检测报告等证据，证明自身无过错或赔偿金额不合理。
     提示：若被认定为欺诈，除赔偿外还可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。

建议行动：

1. 立即下架同类水果，检查库存避免再次发生；
   
2. 与消费者沟通，要求其提供购买凭证、医疗证明等证据；
   
3. 根据证据情况，选择协商赔偿或通过法律途径应对。
   

如有进一步细节（如是否已造成健康损害、是否有进货凭证等），可向我补充说明，我会为您分析具体应对方案。