公司确定员工是否在哺乳期内，主要依据的是国家相关的法律法规以及员工提供的相应证明。以下是一些详细的步骤和考虑因素：
首先，法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》等相关法律，哺乳未满一周岁婴儿的女职工享有特殊的劳动保护权益，包括每天享有1小时的哺乳时间，且不得被安排延长工作时间或夜班劳动。
接下来，公司确定员工哺乳期的具体方式：
员工主动告知：
- 员工在入职或产假结束后，通常会主动向公司人力资源部门或直接上级告知自己的哺乳情况，包括婴儿的出生日期和预计的哺乳期结束时间。
提供证明文件：
- 为了确保信息的准确性，公司可能会要求员工提供婴儿的出生证明或其他相关医疗证明文件，以确认员工确实处于哺乳期内。
公司记录与跟踪：
- 公司的人力资源部门或相关管理部门会记录员工的哺乳期信息，并在公司内部系统中进行跟踪，以确保在哺乳期内给予员工相应的劳动保护。
遵循法律法规：
- 在确认员工处于哺乳期内后，公司会严格遵守国家相关法律法规，不安排员工从事哺乳期禁忌的劳动，不延长其工作时间或安排夜班劳动，并在每天的劳动时间内为其安排1小时的哺乳时间。
处理特殊情况：
- 如果员工生育的是多胞胎，公司会根据法律法规的规定，为每多一个婴儿每天增加1小时的哺乳时间。
- 如果员工希望申请哺乳假（在产假期满后继续休假至婴儿满一周岁），公司会根据员工的申请和公司的实际情况进行审批，并协商确定哺乳假期间的工资待遇。
最后，公司的责任与义务：
- 公司有责任确保员工的哺乳期权益得到保障，不得因员工处于哺乳期内而降低其工资、福利或解除劳动合同。
- 如果公司违反相关法律法规，侵害了员工的哺乳期权益，员工有权向相关部门投诉、举报或申诉。
综上所述，公司确定员工是否在哺乳期内主要依据员工的主动告知、提供的证明文件以及公司内部的记录和跟踪。在确认员工处于哺乳期内后，公司会严格遵守国家相关法律法规，给予员工相应的劳动保护。