在基本农田上钻井盖机井房，确实需要办理相关手续，且若未办理合法手续，该建筑可能被认定为违法建筑。以下从几个方面为你详细分析：
一、基本农田的特殊保护
基本农田是依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地，受到法律的严格保护。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得擅自占用基本农田进行非农业建设，包括钻井盖机井房等设施。若需在基本农田上进行此类建设，必须依法办理相关审批手续。
二、建设机井房的手续要求
土地审批：首先，需要向当地土地管理部门申请用地审批，说明建设机井房的目的、规模、位置等，并提交相关证明材料。土地管理部门会根据土地利用总体规划和相关法律法规进行审查，决定是否批准用地。
规划许可：在获得土地审批后，还需要向当地城乡规划部门申请建设工程规划许可。规划部门会根据城乡规划要求，对建设项目的选址、布局、建筑风格等进行审查，确保建设项目符合规划要求。
其他手续：根据具体情况，可能还需要办理环境影响评价、水资源论证等相关手续，以确保建设项目符合环保和水资源管理要求。
三、未办理手续的后果
若未依法办理上述手续，在基本农田上擅自钻井盖机井房，将面临以下法律后果：
行政处罚：土地管理部门和城乡规划部门有权对违法行为进行查处，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等行政处罚措施。
违法建筑认定：若机井房未经合法审批建设，可能被认定为违法建筑。违法建筑不仅可能面临拆除的风险，还可能影响土地使用者的合法权益。
法律责任：对于严重违法行为，相关责任人还可能承担刑事责任。例如，非法占用农用地罪等。
四、建议与措施
提前咨询：在计划在基本农田上钻井盖机井房前，建议提前咨询当地土地管理部门和城乡规划部门，了解相关法律法规和审批流程。
依法办理手续：按照法律法规要求，依法办理土地审批、规划许可等相关手续，确保建设项目的合法性。
合规建设：在建设过程中，严格遵守相关法律法规和规划要求，确保建设项目的质量和安全。
如果你在基本农田上钻井盖机井房方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。