关于竞争性磋商中是否需要扣除不可竞争费的问题，结论需分情况讨论：

1. 不可竞争费的定义与性质
   不可竞争费通常指在招标或磋商文件中明确规定的、供应商必须计入报价且不得参与竞争的费用，例如安全文明施工费、规费、税金等。这类费用具有法定性或强制性，其计算标准通常由法律法规或行业规范直接规定，供应商无权自行调整。

2. 竞争性磋商的规则依据
   根据《政府采购竞争性磋商采购方式管理暂行办法》（财政部令第74号）及相关规定，竞争性磋商的核心是“综合评分法”，即通过磋商文件明确采购需求、评审标准等，供应商在满足实质性要求的前提下提交最终报价。若磋商文件明确将不可竞争费列为固定项（如单独列项且要求按标准计取），则供应商必须按要求计入总报价，不得扣除或调整；若磋商文件未明确规定，则需结合行业惯例和具体条款判断。

3. 需扣除不可竞争费的情形

   • 磋商文件明确要求：若文件规定“不可竞争费不纳入评分范围”或“仅对可竞争部分进行评审”，则供应商在报价时可能需将不可竞争费单独列示，最终评审时仅比较可竞争部分的报价。
     
   • 行业特殊规定：例如建设工程领域，部分地方规定不可竞争费（如安全文明施工费）需按定额标准计取，但最终结算时由发包方直接支付，不参与竞价。此时供应商报价中可能需扣除该部分费用，仅对剩余部分竞争。

4. 无需扣除不可竞争费的情形

   • 费用已纳入综合报价：若磋商文件要求供应商将不可竞争费与其他费用合并报价，且未明确排除其竞争性，则该费用视为报价的一部分，不得单独扣除。
     
   • 法律强制性规定：例如税金、残疾人就业保障金等法定费用，供应商必须按法律规定计取并包含在报价中，否则可能导致报价无效。

5. 法律风险提示

   • 供应商风险：若擅自扣除不可竞争费且未符合磋商文件要求，可能被认定为未实质性响应采购需求，导致投标无效。
     
   • 采购人风险：若磋商文件未明确不可竞争费的处理方式，可能引发供应商质疑或投诉，需承担文件编制瑕疵的责任。

建议：

• 供应商在参与竞争性磋商前，务必仔细阅读磋商文件，重点关注“报价组成”“评审标准”等条款，明确不可竞争费是否需单独列示或扣除。
  
• 采购人应在磋商文件中清晰约定不可竞争费的处理规则，避免歧义。
  
• 若对条款理解存在争议，建议结合具体行业规定（如建设工程领域的《建设工程工程量清单计价规范》）进一步分析。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案例为您详细解答。