施工总承包单位可以不分包，直接自行组织农民工进行施工。不过，这一行为涉及多个法律和管理层面的问题，以下从不同角度进行分析：
一、法律层面
合法性：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及相关法律法规，施工总承包单位有权自行完成承包工程范围内的全部工作，包括直接雇佣农民工进行施工。这种行为本身并不违法，只要施工总承包单位具备相应的资质和能力，且农民工的权益得到保障。
农民工权益保障：
- 施工总承包单位直接雇佣农民工时，应确保与农民工签订书面劳动合同，明确工作内容、工资标准、支付方式等关键条款。
- 施工总承包单位应按时足额支付农民工工资，不得拖欠或克扣。同时，应依法为农民工缴纳社会保险费，保障其合法权益。
税务和财务合规：
- 施工总承包单位在直接雇佣农民工时，应依法进行税务登记和申报，确保税务合规。
- 农民工的工资支付应纳入施工总承包单位的财务体系，确保财务透明和合规。
二、管理层面
施工管理：
- 施工总承包单位直接组织农民工进行施工，需要具备较强的施工管理能力，包括人员调度、质量控制、安全管理等方面。
- 施工总承包单位应建立健全的施工管理制度，确保施工过程的顺利进行和工程质量的达标。
风险防控：
- 直接雇佣农民工可能增加施工总承包单位的管理风险和法律风险。例如，农民工的工伤事故、劳动争议等问题可能直接涉及施工总承包单位。
- 施工总承包单位应加强风险防控意识，建立健全的风险防控机制，包括购买工伤保险、建立劳动争议调解机制等。
三、实际操作建议
明确合同条款：
- 如果施工总承包单位选择不分包，直接自行组织农民工进行施工，应在与建设单位的施工合同中明确相关条款，包括施工范围、工期、质量标准、工资支付方式等。
加强农民工管理：
- 施工总承包单位应建立健全的农民工管理制度，包括农民工的招聘、培训、考核、奖惩等方面。
- 加强对农民工的法制教育和安全教育，提高其法律意识和安全意识。
寻求专业支持：
- 在施工过程中，施工总承包单位可以寻求专业律师、会计师等第三方机构的支持，确保施工过程的合法合规和财务透明。
总结来说，施工总承包单位可以选择不分包，直接自行组织农民工进行施工，但应确保法律合规、管理到位，并加强风险防控。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。