核心结论：工程签合同未约定税率时，包清工能否开具3%税率发票需分情况讨论；若对方坚持要求开具9%税率发票，可通过协商、补充协议或法律途径解决。以下是具体分析：

1. 包清工能否开具3%税率发票？

• 法律依据：根据《增值税暂行条例》及财税〔2016〕36号文，建筑服务中“清包工”可选择适用简易计税方法，按3%征收率计算增值税。但需满足以下条件：
  • 以清包工方式提供建筑服务（即施工方不采购工程所需的材料，仅提供劳务和辅助材料）；
  • 在税务机关备案后选择简易计税方法。
• 实务操作：若符合上述条件，施工方有权开具3%税率的增值税普通发票或专用发票（对方可抵扣进项税）。但需注意：
  • 合同未约定税率时，施工方仍有权选择适用简易计税方法；
  • 若对方要求开具9%税率发票，可能因对方需更高进项抵扣或合同未明确约定导致争议。

2. 对方坚持要求开具9%税率发票怎么办？

• 协商解决：
  • 施工方可向对方解释清包工适用3%税率的法律依据，提供税务政策文件（如财税〔2016〕36号文）作为依据；
  • 若对方仍不接受，可协商调整合同价款（如提高总价以覆盖9%税率的成本），或明确约定由对方承担额外税负。
• 补充协议：
  • 双方可签订补充协议，明确税率及税负承担方式（如“因税率调整导致的税负增加，由XX方承担”）；
  • 补充协议需符合《民法典》合同变更的规定，避免因程序瑕疵导致无效。
• 法律途径：
  • 若协商无果且对方拒付工程款，施工方可依据《民法典》第788条（建设工程合同纠纷）向法院起诉，要求按实际履行情况（如3%税率）结算；
  • 对方若主张施工方违约（未开具9%发票），需举证证明双方曾达成税率约定（如口头约定、行业惯例等），否则可能败诉。

3. 风险提示与建议

• 合同漏洞风险：未约定税率可能导致双方对税负承担产生争议，建议未来在合同中明确约定“税率按国家现行税法规定执行，如遇调整由XX方承担”或直接约定具体税率。
• 税务合规风险：施工方选择3%税率需确保符合简易计税条件，否则可能被税务机关认定为偷逃税款，面临补税、罚款等处罚。
• 证据保留建议：保留与对方的沟通记录（如邮件、微信）、税务政策文件、清包工服务证明（如材料采购合同、劳务清单）等，以备争议时举证。

总结：包清工在符合条件时可开具3%税率发票，对方要求开具9%税率发票需通过协商、补充协议或法律途径解决。建议优先沟通并明确税负承担方式，避免纠纷升级。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。