在征收过程中，若因权属不清签订了补偿协议，可按以下方式处理：

1. 确认协议效力
   首先需审查补偿协议的效力。根据《民法典》第143条，协议需满足“行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规强制性规定”三个条件才有效。若权属不清导致协议存在重大误解（如误将他人财产纳入补偿范围），或存在欺诈、胁迫等情形，受损害方可依据《民法典》第147-151条请求法院或仲裁机构撤销协议，但需在知道撤销事由之日起1年内行使权利。

2. 通过行政程序解决权属争议
   若协议已部分履行或无法撤销，可依据《土地管理法》第14条或《国有土地上房屋征收与补偿条例》第15条，向当地自然资源部门或征收部门申请权属确认。行政机关需在法定期限内调查并出具书面意见，作为后续补偿分配的依据。若对行政确认结果不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 协商补充协议或分割补偿
   在权属争议解决前，可与征收方协商签订补充协议，明确争议部分的补偿暂存于第三方账户（如公证处），待权属明确后再行分配。若争议涉及多方共有人，可依据《民法典》第304条，通过协商或诉讼对补偿款进行分割，确保各方权益。

4. 提起民事确权诉讼
   若行政程序无法解决权属争议，可依据《民事诉讼法》第122条，以其他权属主张人为被告，向法院提起民事确权诉讼。法院将通过审查产权登记、历史占有使用情况等证据，最终确定财产归属，补偿协议的履行需以法院判决为依据。

实务建议：

• 签订补偿协议前，务必通过查询不动产登记簿、调取历史档案等方式核实权属，避免因疏忽导致协议无效或部分无效。
  
• 若已签订协议后发现权属争议，应立即书面通知征收方暂停履行，并保留相关证据（如协议原件、权属证明、沟通记录等）。
  
• 权属争议解决周期可能较长，建议优先通过协商或行政程序处理，以降低时间成本；若争议复杂，可同步准备民事诉讼材料，确保程序衔接。
  

如有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我说明，我会结合实际情况提供更精准的建议。