结论：公司处罚员工时采用扣分的方式是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括扣分制度是否合法制定、是否与劳动合同或规章制度相符、是否超出合理范围以及是否侵犯员工权益等。
详细分析：
扣分制度需合法制定：
- 公司制定扣分制度作为管理手段时，必须确保该制度是通过合法程序制定的，比如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并且已经公示或告知员工。这是确保扣分制度合法性的基础。
扣分制度需与劳动合同或规章制度相符：
- 扣分制度的内容应当与劳动合同中约定的条款以及公司现有的规章制度相一致。如果扣分制度与劳动合同或规章制度存在冲突，那么该制度可能因违法而无效。
扣分不得超出合理范围：
- 即使扣分制度本身合法，公司在实施扣分时也不得超出合理范围。例如，扣分不能过于频繁或严重，以至于对员工的工作表现、薪酬待遇或职业发展造成不合理的负面影响。如果扣分导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣分成为变相罚款，那么这种扣分行为就是违法的。
扣分不得侵犯员工权益：
- 公司在实施扣分时，必须确保不侵犯员工的合法权益。例如，扣分不能作为歧视或报复员工的手段，也不能违反法律法规中关于员工权益保护的规定。
具体建议：
对于员工：
- 如果您认为公司的扣分制度不合法或不合理，可以先与公司进行沟通协商，表达您的疑虑和诉求。
- 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在制定和实施扣分制度时，务必确保制度的合法性和合理性，避免侵犯员工的权益。
- 如果需要对员工进行处罚，应当选择合法、合规的方式，如警告、记过、降职、解雇等，并确保处罚措施与员工的违规行为相匹配。
可能后果：
- 如果公司的扣分制度被认定为违法或不合理，那么该制度可能无效，公司可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复员工名誉等。
- 如果员工因公司的违法扣分行为而遭受损失，员工有权要求公司进行赔偿。
举例说明：
假设某公司制定了一项扣分制度，规定员工迟到一次扣5分，扣满20分将扣除当月奖金。然而，该制度在制定时未经职工代表大会讨论，也未公示或告知员工。后来，公司以员工迟到为由扣除了其当月奖金。在这种情况下，由于扣分制度未经合法程序制定且未公示或告知员工，因此该制度可能无效，公司扣除员工奖金的行为也可能被认定为违法。
总之，公司在处罚员工时采用扣分的方式是否合法，需结合具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。