企业间一方违约被扣款后，发票的处理需根据扣款性质、合同约定及税法规定综合判断，核心原则是确保发票与实际交易相符，避免税务风险。具体处理方式如下：

1. 若扣款属于“违约金”性质（非价款调整）

• 发票处理：根据《增值税暂行条例》及实施细则，违约金若未构成价外费用（即未与货物、服务销售直接相关），无需开具或冲红原发票。违约方应向守约方开具收款凭证（如收据），注明“违约金”及金额。
• 税务处理：
  • 守约方：违约金收入若与经营相关，需计入收入总额缴纳企业所得税；若为个人取得，可能涉及个人所得税。
  • 违约方：违约金支出若与经营相关且取得合法凭证，可在企业所得税前扣除。
• 合同约定：需在合同中明确违约金条款（如计算方式、支付条件），避免被认定为“价外费用”而需补开发票。

2. 若扣款属于“价款折让”性质（即实际交易金额减少）

• 发票处理：根据《国家税务总局关于红字增值税发票开具有关问题的公告》，需由销售方（违约方）开具红字增值税专用发票，冲减原销售额及销项税额；购买方（守约方）同步冲减进项税额。
• 操作流程：
  1. 双方协商一致后，销售方在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》。
  2. 税务机关系统自动校验通过后，销售方开具红字发票。
  3. 购买方凭红字发票做进项税额转出。
• 税务风险：若未按规定冲红，可能导致双方增值税申报异常，引发税务稽查。

3. 若扣款属于“赔偿款”性质（如因违约造成损失的补偿）

• 发票处理：赔偿款若独立于原交易（如货物毁损赔偿），无需冲红原发票，但需根据赔偿内容判断是否需开具发票：
  • 若赔偿款属于“价外费用”（如销售方因延迟交货支付的赔偿），需并入销售额开具发票。
  • 若赔偿款属于“非经营活动收入”（如购买方因质量问题自行处理产生的费用补偿），无需开具发票，但需留存合同、赔偿协议等凭证备查。
• 税务处理：赔偿款收入需按“其他收入”缴纳企业所得税，支出方凭合法凭证（如法院判决、赔偿协议）在企业所得税前扣除。

4. 实务建议

• 合同条款：在合同中明确约定违约责任、扣款性质及发票处理方式，避免歧义。
• 证据留存：保存扣款通知、协商记录、付款凭证等，以证明扣款合理性。
• 税务合规：定期核对发票与实际交易，确保“票货一致”，避免虚开发票风险。
• 争议解决：若双方对扣款性质或发票处理有争议，可依据《民法典》合同编或通过税务机关协调解决。

如有具体案例或合同条款需分析，可直接向我提供详细信息，我将进一步结合税法及实务操作给出针对性建议。