核心结论：针对欠对方公司1000万发票的情况，需根据双方交易性质、合同约定及税务法规综合处理，具体分以下两种情况说明：

1. 若双方存在真实交易且合同明确约定开票义务

• 法律义务：根据《增值税暂行条例》及《发票管理办法》，销售方（您方）有义务在收取款项后向购买方（对方公司）开具等额发票。若未开具，可能面临税务机关责令改正、罚款（最高1万元）等行政处罚。
• 处理步骤：
  • 核对合同：确认合同中关于开票时间、税率、发票类型（专票/普票）的约定；
  • 补开发票：立即向对方公司开具1000万发票，并附上情况说明（如因财务疏忽未及时开具）；
  • 税务申报：在开票当月将该笔收入纳入增值税申报表，避免税款滞纳（按日加收万分之五滞纳金）；
  • 沟通协商：若对方公司已将款项作为“未取得发票成本”在企业所得税前扣除，需配合其补充成本凭证，避免对方税务风险。

2. 若交易存在争议或无真实交易背景

• 风险警示：
  • 虚开发票风险：若实际未发生交易或金额不符，开具发票可能构成《刑法》第205条“虚开增值税专用发票罪”（最高可处无期徒刑）；
  • 税务稽查风险：税务机关可能通过资金流、货物流、发票流“三流一致”原则核查交易真实性，若不符将追缴税款、滞纳金及罚款；
  • 民事纠纷风险：对方公司可能以“未履行合同义务”为由起诉，要求赔偿损失（如无法抵扣进项税的损失）。
• 处理建议：
  • 暂停开票：立即停止开具任何发票，避免风险扩大；
  • 固定证据：收集交易合同、付款凭证、沟通记录等，证明实际交易情况；
  • 协商解决：与对方公司协商调整交易金额或终止合同，并签订书面协议；
  • 法律途径：若协商无果，可通过诉讼或仲裁确认交易效力，再根据结果处理开票问题。

补充说明：发票问题涉及税务、合同、刑事多重法律关系，建议根据具体交易背景选择处理方式。若有进一步细节（如交易类型、合同条款、已开具发票情况等），可直接向我咨询，我将结合实际情况提供针对性方案。