长途班车规定三个小时内不准上停靠服务点上厕所，这一规定是否合法，需分情况讨论：

1. 从合同自由与乘客权益平衡的角度：

   • 长途班车运营方与乘客之间构成运输合同关系。运营方有权制定一定的运营规则，但这些规则不得违反法律法规的强制性规定，也不得不合理地限制或剥夺乘客的基本权益。
   • 上厕所是人的基本生理需求，如果运营方制定的“三小时内不准上停靠服务点上厕所”的规定，在实际上剥夺了乘客在长时间旅行中合理上厕所的权利，那么这一规定可能因违反公序良俗或不合理地限制乘客权益而被认定为无效。

2. 从交通运输管理法规的角度：

   • 交通运输管理法规对长途班车的运营有明确的规定，包括停靠站点、服务设施等。如果运营方未按照法规要求在合理距离内设置停靠站点或服务设施，或者停靠站点不具备基本的服务功能（如厕所），那么运营方可能因违反法规而面临处罚。
   • 在此情况下，乘客有权要求运营方提供合理的上厕所条件，如果运营方拒绝提供，乘客可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

3. 从实际运营合理性的角度：

   • 运营方制定“三小时内不准上停靠服务点上厕所”的规定，可能是出于运营效率、安全考虑等因素。然而，这种规定必须建立在合理的基础上，不能无视乘客的基本生理需求。
   • 如果运营方能够证明在特定情况下（如极端天气、交通拥堵等）为了保障乘客安全或运营效率而暂时限制停靠，且这种限制是合理且必要的，那么这一规定可能在一定程度上得到理解。但在正常情况下，这种限制显然是不合理的。

法律建议：

• 如果您作为乘客遇到了长途班车运营方不合理限制上厕所的情况，首先可以尝试与运营方沟通协商，要求其提供合理的上厕所条件。
• 如果沟通无果，您可以向当地的交通运输管理部门投诉，要求其对运营方的行为进行调查和处理。
• 在必要时，您还可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果运营方的规定被认定为违法或不合理，其可能面临交通运输管理部门的处罚，包括罚款、整改等。
• 同时，运营方还可能因侵犯乘客权益而承担民事赔偿责任，如赔偿乘客因无法上厕所而造成的身体不适或精神损害等。

总之，长途班车运营方在制定运营规则时，必须充分考虑乘客的基本权益和合理需求，确保规则的合法性和合理性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。