核心结论：虚开住宿发票后主动承认并退还，处理方式需结合具体情节，可能涉及行政处罚、刑事责任免除或减轻，以及企业内部处理等多个层面。以下分情况详细说明：

1. 行政处罚层面

• 法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十七条，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 主动承认的影响：若您主动向税务机关承认虚开发票的行为，并积极配合调查，退还非法所得，税务机关在处罚时可能会考虑您的自首情节和配合态度，从而在罚款幅度上给予一定程度的减轻。但具体减轻幅度需由税务机关根据案件具体情况裁量。

2. 刑事责任层面

• 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
• 主动承认与退还的作用：若您的虚开发票行为尚未达到刑事立案标准，或虽达到标准但情节较轻，主动承认并退还非法所得可能有助于避免刑事责任的追究。若已构成犯罪，主动投案并如实供述罪行（即自首），根据《刑法》第六十七条，可以从轻或者减轻处罚；其中，犯罪较轻的，可以免除处罚。

3. 企业内部处理层面

• 内部规定：若您是在职员工，虚开发票可能违反公司内部的财务管理制度或职业道德规范。公司可能会根据内部规定对您进行纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
• 主动承认的意义：主动向公司承认错误并退还非法所得，有助于展现您的诚信态度，可能在一定程度上减轻公司对您的纪律处分。但具体处理结果仍需根据公司规定和案件具体情况决定。

4. 建议与注意事项

• 及时沟通：无论面对税务机关还是公司，都应尽快主动沟通，说明情况，表达悔意，并积极配合调查。
• 保留证据：退还非法所得时，务必保留好相关证据，如转账记录、收据等，以证明您的退还行为。
• 法律咨询：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以更准确地了解您的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。

总结：虚开住宿发票后主动承认并退还，是一个积极的补救措施，有助于减轻可能面临的行政处罚、刑事责任以及企业内部处分。但具体处理结果仍需根据案件具体情况和相关法律法规来判定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。