结论前置：病假超过三个月就辞退是否合法，需根据具体情况判断。若员工仍处于法定医疗期内且没有严重违反公司规章制度的行为，则辞退不合法；若医疗期已满且员工不能从事原工作或另行安排的工作，或存在严重违反公司规章制度的行为，则辞退可能合法。
详细分析：
法定医疗期内的保护：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在医疗期内，除非员工存在严重违反公司规章制度等法定过错行为，否则用人单位不能随意辞退员工。
- 医疗期的具体时长根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，范围从3个月到24个月不等。例如，实际工作年限10年以下，本单位工作年限5年以下为3个月，5年以上为6个月。因此，病假超过三个月并不一定意味着超出了医疗期。
医疗期满后的处理：
- 如果员工病假超过三个月且医疗期已满，此时用人单位能否辞退员工，还需看员工是否能从事原工作或另行安排的工作。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第一项，劳动者患病或非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。
严重违反公司规章制度：
- 如果员工在病假期间存在严重违反用人单位规章制度的行为，如旷工、伪造病假条等欺骗行为，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项，即劳动者严重违反用人单位的规章制度的，解除劳动合同。这种情况下，即使病假未超过法定医疗期，辞退也可能是合法的。
法律后果与建议：
- 违法辞退的法律后果：如果用人单位在员工病假期间违法辞退员工，员工有权要求用人单位继续履行劳动合同。若劳动合同已不能继续履行或员工不要求继续履行，用人单位需支付赔偿金。赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 建议：对于员工而言，应了解自己的医疗期时长，并在病假期间遵守公司规章制度，保留好相关医疗证明。对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，在辞退员工前仔细评估其是否处于医疗期内、是否能从事原工作或另行安排的工作，以及是否存在严重违反公司规章制度的行为。
总结：病假超过三个月就辞退是否合法，取决于多种因素，包括员工是否仍处于法定医疗期内、是否能从事原工作或另行安排的工作，以及是否存在严重违反公司规章制度的行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。